学徒作业-指定基因在指定组织里面的表达量热图 / 开普饭

关于TCGA表达数据的分析.之前我们我们介绍过.目前可能用的最多的也就是GEPIA了.之前在GEPIA2发表的时候(GEPIA I, GEPIA II),我们对这个数据库进行了介绍.最近.GEPIA的 ...

之前我们发布了单基因泛癌分析相关的文章,包括 TCGA单基因免疫相关泛癌分析 TCGA单基因免疫相关泛癌分析-进阶版本 TCGA单基因泛癌分析:富集分析结果答疑这里有单基因在每种肿瘤中的表达图,仅限 ...

解螺旋公众号·陪伴你科研的第2590天无代码生信复现大家好,我是Jerry,今天我给大家分享一篇最新的单基因泛癌生信文章,该文章是发表于Frontiers in Immunology杂志上,最新影 ...

昨天介绍的TC3A是基于TCGA肿瘤数据来进行分析的,而这次的这个APA atlas (https://hanlab.uth.edu/apa/)则是基于GTEx的数据来分析的.如果不清楚TCGA和GT ...

我们人体的基因表达情况是会随着年龄的变化发生变化的.通过了解正常人当中那些基因随着年龄会发生变化,对于研究和年龄有关的疾病也有种重要的作用.今天就来介绍一个年龄有关基因表达数据库:ADEIP (htt ...

我们在进行数据库介绍,尤其是肿瘤相关数据库的时候,经常会提到说这个使用了 TCGA/GTEx 数据库的数据,那么这两个数据库到底是什么呢?为什么会有用这两个数据库呢?另外呢,由于最近ICGC提的也比 ...

编译:小北,编辑:景行.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读许多包括疾病在内的复杂人类表型,表现出性别差异的特征.这些性别差异不同程度的归因于激素.性染色体.基因型×性别效应.行为差异以及环境暴 ...

看到发表在 Cell. 2020 Mar 4. 的文章的研究项目里面有 4个10X样本,题目是:Complement Signals Determine Opposite Effects of B C ...

不知道多少人看完了全网第一个单细胞课程(免费基础课程),免费学习地址在B站:https://www.bilibili.com/video/av38741055 而且完成结业考核20题:https:/ ...

我喜欢把TCGA数据库的应用划分为8个领域: 1.探索各类肿瘤不同临床特征(性别.年龄.种族.临床分期)的预后(生存曲线) 2.探索各类肿瘤与对照的单个分子(mRNA,lncRNA,miRNA,甲基化 ...

DNA损伤反应(DNA damage response,DDR)这个防御机制是生物体维护基因组稳定性的重要途径,DDR缺陷可导致包括肿瘤在内的多种疾病的发生,DDR通路已经成为抗肿瘤药物靶点,其中最突 ...

一个学徒跟着我做了七十多个转录组项目了,但是一直不能理解,凭什么这样的高通量筛选就能定位到具体的一两个基因. 为了帮助他理解生物学的混沌思想,我特意给他找了一个与2018年2月发表在CELL杂志的文章 ...

我们在前面的教程:不是maf格式的somatic突变数据就没办法读入到maftools了么,提到了假如小伙伴们是在在 https://xenabrowser.net/datapages/ ,找到 G ...

最近我们的学徒作业,都是以公众号推文的方式发布出来,希望更多人加入一起学习,前面两次的作业是: 写一个函数把基因集,写出成为gmt文件.详见:GSVA或者GSEA各种算法都是可以自定义基因集的自行读 ...

Agilent的芯片同样也是扫描得到图片,然后图像处理(主要是Agilent Feature Extraction (AFE) 软件)得到信号值,但是值得注意的是这个时候有两个信号值矩阵,分别是:th ...

发表在Cancer Management and Research的简单数据挖掘杂志:Apolipoprotein C1 (APOC1) promotes tumor progression via ...

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