Seurat4.0系列教程19:多线程并行策略 / 开普饭

原创邀你一起成为开源贡献者 Linux中国导读:VizTracer 可以跟踪并发的 Python 程序,以帮助记录.调试和剖析. 本文字数:4686,阅读时长大约:6分钟 https://li ...

在之前的推送中我们为大家介绍了Excel文件的导入与导出[R语言学习6]R数据导入与导出方法简介,今天主要为大家介绍openxlsx包具体的使用方法. 首先是包的安装与加载,目前该包已经在CRAN平台 ...

python3爬虫系列14之进程.单进程.多进程.线程.单线程.多线程.并行.并发.互斥锁.协程的白话解释 1. 前言回顾到目前为止,实际上我们的爬虫进程总共介绍了: 爬虫架构--确认目标(爬虫对象 ...

时代的洪流奔涌而至,单细胞技术也从旧时王谢堂前燕,飞入寻常百姓家.雪崩的时候,没有一片雪花是无辜的,你我也从素不相识,到被一起卷入单细胞天地.R语言和Seurat已以势如破竹之势进入4.0时代,天问一 ...

在此,我们将合并两个 10X PBMC 数据集:一个包含 4K 细胞,一个包含 8K 细胞.数据集可以在这里[1]找到. 首先,我们在数据中读入并创建两个Seurat对象. library(Seura ...

scRNA-seq整合简介对两个或两个以上单细胞数据集的整合分析提出了独特的挑战.特别是,在标准工作流下,识别存在于多个数据集中的基因可能存在问题.Seurat v4 包括一组方法,以匹配(或&qu ...

此文演示了一些与 Seurat 对象交互的功能.为了演示,我们将使用在第一个教程中创建的 2,700 个 PBMC 对象.为了模拟我们有两个复制的情景,我们将随机分配每个集群中一半的细胞自" ...

Seurat 标准流程标准 Seurat 工作流采用原始的单细胞表达数据,旨在数据中查找clusters.此过程包括数据标准化和高变基因选择.数据归一化.高变基因的PCA.共享近邻图形的构建以及使用 ...

我们将使用之前从 2,700个 PBMC 教程中计算的 Seurat 对象在演示可视化技术.您可以从这里[1]下载此数据集 SeuratData::InstallData("pbmc3k& ...

此教程展示了如何通过基于传统细胞周期相关marker计算细胞周期得分,并在预处理过程中将这些分数从数据中回归,以消除 scRNA-seq 数据中细胞周期异质性的影响.我们在小鼠造血祖细胞数据集上证明了 ...

我们使用通过SeuratData[1]包提供的 2,700个 PBMC 来演示. 加载数据 library(Seurat) library(SeuratData) pbmc <- LoadDat ...

加载数据此教程演示了如何存储和与Seurat 中的降维信息进行交互.为了演示,我们将使用SeuratData[1]包提供的 2,700 个 PBMC 对象. library(Seurat) libr ...

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