TCGA计划的4个找somatic mutation的软件使用体验 / 开普饭

本文介绍临床Gene Panel检测的「实验流程」及「生物信息学分析流程」(下图为MSK-IMPACT 468基因panel的检测流程,各产品流程也大同小异,本文参考此流程). 个人能力有限,欢迎指出 ...

Error in ComBat(dat = exp, batch = batchType, mod = model, par.prior = TRUE) : At least one covariat ...

SNVSniffer软件发表在BMC Syst Biol. 2016 Aug,文章标题是:<SNVSniffer: an integrated caller for germline and s ...

MuSE软件发表在2016年8月的Genome Biology 杂志,文章标题是:<MuSE: accounting for tumor heterogeneity using a sampl ...

使用 XENA下载的TCGA-LAML.mutect2_snv.tsv文件绘制基因词云和突变景观图. 一基因词云有小伙伴在https://mp.weixin.qq.com/s/DvX_pKPF9b ...

写在前面你现在看到的是文献俱乐部2019年笔记分享第一弹,我将会在春节7天连续分享,目录如下: 2019年1月份第1周(总第49周)单细胞转录组探索CAFs的功能和空间异质性 2019年1月份第2周 ...

前列腺癌是一种相对惰性的恶性肿瘤.但一旦其进入晚期,治疗将会变得十分棘手.虽然大多数晚期前列腺癌患者对内分泌治疗都有很好的反应,但在治疗18-24个月后几乎所有患者最终都将进展为去势抵抗性前列腺癌(C ...

胚系突变(Germline Mutation)和体细胞突变(Somatic Mutation)在WES.WGS.Gene Panel检测时常常遇到,二者最大的区别是「胚系突变可以遗传给后代,而体细胞突 ...

最近,国内一所大学在小动物界爆火出圈-- 不过这次可不是什么悲剧,而是实实在在地为小流浪做好事儿. 这所大学就是位于上海的华东师范大学.(实名吹爆! ) 最近,华东师范大学动物保护协会上线了一款小程序 ...

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