snakemake搭建生信分析流程 / 开普饭

Cell Ranger是一个10X genomics公司的单细胞分析软件,将原始的fastq文件生成后续分析的feature-barcode表达矩阵.其中包括很多模块,本次主要介绍cellranger ...

本节我们介绍Nextflow中的Combine Operators类型.Combine-operators-合并操作符合并操作符包含以下类型:joincrosscollectFilecombineco ...

本节我们介绍Nextflow中的Splitting operator类型.Splitting operators-分割操作符分割操作符用于将channel中的元素分割成不同的块儿,这些块结构将会下游的 ...

本节我们介绍Nextflow中Transforming operators类型.Transforming operators-转换操作符转换操作符包括buffer, collate, collect, ...

本节我们介绍Nextflow中的Operator类型,Operator用户连接不同的Channel或者按照用户指定的规则进行数据的变换操作. Operators分为以下7种类型: Filtering ...

本节我们介绍Nextflow中的Channel类型,Channel是nextflow中process之间进行数据传递的通道. Channel主要有两个属性: 采用异步操作的方式进行数据传递: 数据接收 ...

在前面的两节内容中我们介绍了Nextflow的安装和流程监控平台Nextflow Tower, 大家如果对软件安装还有疑问可以查阅平台中前面两节的内容.这里我们以nextflow的一个具体运行脚本来进 ...

在第一节中,我们介绍了nextflow的平台支持和安装方法,这一节我们将介绍流程监控的利器nextflow tower. 相信之前自己搭建过生信流程的小伙伴对流程监控的重要性都非常清楚,俗话说:&qu ...

导言构建生信分析流程是生物信息学从业人员必备的技能之一,对该项能力的评估常常是各大公司招录人员的参考项目之一. 在进行ngsjs项目时,我做了一张示意图来表示一些高通量测序数据分析项目重现性的要点( ...

本文介绍「mRNA生信分析流程」 ❞ mRNA生信分析速览 mRNA生信分析主要包含以下各部分. mRNA分析详细步骤数据质控及过滤 FastQC数据质控关注测序数据的碱基质量.GC比等,见上图红 ...

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