反向推理TCGA生存分析使用的仅仅是肿瘤样品 / 开普饭

这是实战TCGA数据库的又一个知识点,如果你已经对TCGA有浅显的认识,那么我们应该根据研究方向找到自己的癌症类型,TCGA有一台完整的癌症分型,慢慢这个分型也成为了主流,你别不服气,如果我们有这样的 ...

UALCAN:(http://ualcan.path.uab.edu/index.html)是一个综合的.用户友好的.交互式的web资源,用于分析癌症组学数据.UALCAN的设计目的是: 提供对公开的 ...

长期更新列表: 使用R语言的cgdsr包获取TCGA数据(cBioPortal)TCGA的28篇教程- 使用R语言的RTCGA包获取TCGA数据 (离线打包版本)TCGA的28篇教程- 使用R语言的R ...

看自己感兴趣的基因在自己研究的癌症的预后相关性是高频需求,其实就是拿到基因在癌症病人的表达信息,然后就可以根据表达量高低对病人进行分组,最后这个分组是否统计学显著的把病人的生存情况区分开来. 但是我没 ...

本文的临床数据的生存分析,并没有使用TCGA数据库里面的病人信息,而是自己收集病人样本,记录其临床信息,随访时间等等.还采用IHC等病理技术手段来量化感兴趣的基因的表达量情况,最后全部使用自己的数据做 ...

最近看到文献里面提到了针对膀胱癌的METTL3基因的生存分析,我定睛细看,发现并不是TCGA里面的表达数据,而是IHC的结果,如下: f. Kaplan-Meier survival curves o ...

测序上游分析系列: mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵:上中游分析pipeline miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline:从raw reads,鉴定已知miR ...

原文链接:http://tecdat.cn/?p=22422 在本文中,我们描述了灵活的竞争风险回归模型.回归模型被指定为转移概率,也就是竞争性风险设置中的累积发生率.该模型包含Fine和Gray(1 ...

<Frontiers in Oncology>杂志 2021 年4月14日在线发表四川大学华西医院的Jiuhong Li, Qiguang Wang, Menglan Zhang,等撰写的 ...

在医学或者公共卫生研究中,慢性疾病的发生.发展.预后一般不适用于治愈率.病死率等指标来考核,因为其无法在短时间内明确判断预后情况,为此,只能对患者进行长期随访,统计一定时期后的生存或死亡情况以判断诊疗 ...

在做生信分析的时候,尽管各种分析多到让人眼花缭乱,但是最重要的无外乎表达差异和生存参数,其余都是点缀.表达差异是前提,但是光有表达差异还不行.若A基因在肿瘤和正常组织中表达有差异,但是不影响生存参数, ...

反向推理TCGA生存分析使用的仅仅是肿瘤样品