TCGA数据库生存分析的网页工具哪家强 / 开普饭

打开网址 (http://www.oncolnc.org/),简洁的界面如下: 输入你感兴趣的基因(TP53),点击`Submit`提交,然后选择感兴趣的癌症类型,点击`Yes Please! 继续分 ...

众所周知,癌症具有异质性,在乳腺癌领域,不同亚型的癌症比不同器官来源癌症的差异要大很多.最简单癌症分类,当然是一个基因,比如ER阳性或者ER阴性的乳腺癌患者,并不是说人类有2万多个蛋白编码基因就可以有 ...

在这个信息大爆炸的年代,浩瀚的信息流如同汪洋大海一般,将每个人都紧紧环绕.如何利用已有的工具从中筛选有用信息,对我们每个人,尤其是科研人而言,尤为重要. 今天小编就给大家分享一些咱们科研过程中常常会用 ...

解螺旋公众号·陪伴你科研的第2533天 7+纯生信ceRNA文章复现在pubmed搜索ceRNA,发现很多实验类的文章,做了很多内容,但是只发了2-3分,所以今天想和大家一起学习2021年1月发表于 ...

朋友圈经常就被刷一个生存分析的教程,感觉都成月经帖了!关键是也没有讲什么新颖的东西,无非就是某个新的网页工具的用法,实在是太low了.必须得从我这里结束它们~ 很久以前我们这个公众号推出过一个生存分析 ...

长期更新列表: 使用R语言的cgdsr包获取TCGA数据(cBioPortal)TCGA的28篇教程- 使用R语言的RTCGA包获取TCGA数据 (离线打包版本)TCGA的28篇教程- 使用R语言的R ...

我们已经多次介绍过生存分析: 集思广益-生存分析可以随心所欲根据表达量分组吗生存分析时间点问题寻找生存分析的最佳基因表达分组阈值 apply家族函数和for循环还是有区别的(批量生存分析出图bug ...

最近看到文献里面提到了针对膀胱癌的METTL3基因的生存分析,我定睛细看,发现并不是TCGA里面的表达数据,而是IHC的结果,如下: f. Kaplan-Meier survival curves o ...

众所周知,以TCGA数据库为主的大数据挖掘很火,通过数据挖掘我们可以发SCI文章(比如),也可以为申请基金提供思路(比如师兄最近在各地的讲座:),当然关于TCGA的数据挖掘,公众号上也介绍了很多工具( ...

分析基本思路: 1.首先我们应该要知道什么是肿瘤的免疫细胞浸润模式,通过一些什么样的原理,可以用什么样的软件进行分析. 肿瘤免疫细胞浸润是指免疫细胞从血液中移向肿瘤组织,开始发挥它的作用,可以从肿瘤组 ...

本文的临床数据的生存分析,并没有使用TCGA数据库里面的病人信息,而是自己收集病人样本,记录其临床信息,随访时间等等.还采用IHC等病理技术手段来量化感兴趣的基因的表达量情况,最后全部使用自己的数据做 ...

RNA-seq数据的下游分析网页工具不要太多,这里介绍一个最新的: Sundararajan Z, Knoll R, Hombach P, et al. Shiny-Seq: advanced gui ...

前面我们提到了在我们的shiny服务器部署一个RNA-seq下游分析网页工具,虽然说因为时间关系没办法给它写一步步教程,而且也的确类似的工具太多, 写教程的时间付出并不经济.那我们再介绍一个shiny ...

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