使用STAR-fusion来对转录组数据找融合基因 / 开普饭

▲点击上方蓝色字体,加入有趣.好玩的火腿圈新款DMR / DSTAR /System Fusion/ P25 Nano-Spot WIFI数字火腿热点这是数字无线电乐趣的全新设备. 来自Micro ...

首先提醒一下,该工具需要下载 108 G 的数据库文件才能运行,而且仅仅是针对hg19这一个参考基因组.但是因为其发表的非常早,即使不好用,也仍然是目前最主流的转录组数据找融合基因工具之一. 该工具发 ...

以前生信技能树发过这个教程: RNA-seq 检测变异之 GATK 最佳实践流程第一次对参考基因组建索引然后进行第一次序列比对之后根据第一次比对得到的所有剪切位点,重新对参考基因组建立索引再进 ...

前些天我在生信技能树介绍过star-fusion:最好用的融合基因查找工具终于正式发表了 ,然后在另外一个教程:一个好像没有做任何改变的参数提到了目前大量的单细胞转录组数据出来了,却没有一个文章去探 ...

这样就非常好的应用到了单细胞技术的优点,但有粉丝留言提问说自己设计单细胞转录组课题比较早,那个时候没有看到这个 2021 年1月4日,中国医学科学院北京协和医学院朱兰及中国科学院北京基因组研究所杨运桂 ...

编译:夕夕,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读差异表达分析(DE)和基因富集分析(GSE)常用于单细胞转录组研究中.本研究中,作者开发了一种集成且可扩展的方法--iDEA,可通过分 ...

编译:一个矫情的农民,编辑:Tracy.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读苹果是蔷薇科植物的一员,是世界上温带地区最重要的经济水果作物之一.苹果在成熟过程中伴随着味道.硬度.香气和颜色的巨大变 ...

本文编译自Nature Communications 美国芝加哥大学遗传医学部和人类遗传学系的Yang I. Li等于2019年3月1日在<Nat Commun>上发表题目<Prio ...

免疫治疗已经大大改变的抗肿瘤治疗的格局. 但不可否认的是免疫治疗需要解决的问题还有很多,最急迫的一个就是准确分辨能够从免疫治疗中获益的人群. 对PD-L1.TMB.微卫星不稳定等生物标志物的探索尚不足 ...

了解我的应该都知道我最近几个月都在奋战一个陌生的领域,单细胞转录组数据处理.真的很有挑战性,笔记累积了一大堆了,但是没有太值得分享的,大多是利用bulk转录组数据处理的经验而已,但是下面这个是单细胞转 ...

使用STAR-fusion来对转录组数据找融合基因