用deFuse来对转录组数据找融合基因 / 开普饭

今天是生信星球陪你的第529天大神一句话,菜鸟跑半年.我不是大神,但我可以缩短你走弯路的半年~ 就像歌儿唱的那样,如果你不知道该往哪儿走,就留在这学点生信好不好~ 这里有豆豆和花花的学习历程,从新手 ...

看了这么多找融合基因的工具,目前只有这个最方便及靠谱,不仅仅是因为它发表于2017年,更重要的是他可以直接基于STAR比对好的bam文件来做分析,而大多数其它软件,需要从fastq文件开始,都不方便. ...

以前生信技能树发过这个教程: RNA-seq 检测变异之 GATK 最佳实践流程第一次对参考基因组建索引然后进行第一次序列比对之后根据第一次比对得到的所有剪切位点,重新对参考基因组建立索引再进 ...

这样就非常好的应用到了单细胞技术的优点,但有粉丝留言提问说自己设计单细胞转录组课题比较早,那个时候没有看到这个 2021 年1月4日,中国医学科学院北京协和医学院朱兰及中国科学院北京基因组研究所杨运桂 ...

编译:夕夕,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读差异表达分析(DE)和基因富集分析(GSE)常用于单细胞转录组研究中.本研究中,作者开发了一种集成且可扩展的方法--iDEA,可通过分 ...

编译:一个矫情的农民,编辑:Tracy.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读苹果是蔷薇科植物的一员,是世界上温带地区最重要的经济水果作物之一.苹果在成熟过程中伴随着味道.硬度.香气和颜色的巨大变 ...

本文编译自Nature Communications 美国芝加哥大学遗传医学部和人类遗传学系的Yang I. Li等于2019年3月1日在<Nat Commun>上发表题目<Prio ...

免疫治疗已经大大改变的抗肿瘤治疗的格局. 但不可否认的是免疫治疗需要解决的问题还有很多,最急迫的一个就是准确分辨能够从免疫治疗中获益的人群. 对PD-L1.TMB.微卫星不稳定等生物标志物的探索尚不足 ...

了解我的应该都知道我最近几个月都在奋战一个陌生的领域,单细胞转录组数据处理.真的很有挑战性,笔记累积了一大堆了,但是没有太值得分享的,大多是利用bulk转录组数据处理的经验而已,但是下面这个是单细胞转 ...

那个时候写教程,以软件安装,软件input和output为主,因为觉得新手最容易纠结的就是这些了,但是现在回过头来看,软件安装已经成了小菜一碟,对各种bam/sam/vcf/gtf也耳熟能详,所谓的i ...

用deFuse来对转录组数据找融合基因