学习微生物组数据比较成熟的R包microbiome / 开普饭

写在前面 CSV/TSV作为数据科学和组学分析的基本格式,其实本质上均为txt格式的表格,CSV是按逗号分隔,TSV是以制表符分隔的表格.这两种格式数据格式应用非常广泛.比较常用的处理软件包括: Ex ...

2017年8月25日,美国科学促进会<科学>封面发表美国斯坦福大学.德克萨斯人类食物工程.圣迭戈加利福尼亚大学.纽约大学.英国伦敦大学国王学院.圣托马斯医院.加拿大西安大略大学.坦桑尼亚国 ...

物种丰度排序堆积柱形图及处理间各物种丰度非参数检验多组比较的R图形可视化再美的可视化图形若缺少了统计检验就失去了灵魂而变得华而不实测试数据及代码链接:https://pan.baidu.com/s ...

写在前面这个包最优雅的地方在于交互式,所以学习的主要目的也就是交互式的实践.交互图可以很好的探索数据,但一般不支持输出矢量图,不方便下游编辑和修改和用于发表.如果你找到了导出矢量图方法,请留言. ...

推荐:江舜尧编译:番茄加牛腩同学编辑:小菌菌荷兰鹿特丹伊拉斯姆斯大学医学中心/英国牛津大学Nuffield人口健康学部Jun Liu和Cornelia M. vanDuijn等于2020年1月1 ...

推荐:江舜尧编译:小鹿同学编辑:小菌菌美国国立卫生研究院过敏和传染病研究所Michael Otto和上海交通大学医学院李敏等人于2019年12月19日在微生物学顶级期刊Cell Host &am ...

这是<肠道产业>第 569 篇文章编者按: 微软公司的联合创始人比尔·盖茨坚定地认为,了解微生物组"在未来 20 年里,不亚于我们在健康领域所做的任何其他事情".而麦 ...

写在前面目前我们在Easystat用于数据差异分析及其可视化方面做了很多的工作,尤其是大大扩展了可视化的类型,相信大家总能找到一种适合自己的可视化方式.现在我带领大家使用此包进行微生物组数据的差异分 ...

写在前面题目错误,更正为:EasyStat包.我们在分析群落数据的时候,往往相对丰度转化后就展示了,在差异分析中往往使用相对丰度做差异分析不是上上策,因为目前edger和Desep2包中的标准化方式 ...

gcMeta全球微生物组数据存储和标准分析平台 gcMeta: a Global Catalogue of Metagenomics platform to support the archiving ...

animalcules-交互式微生物组分析和可视化的R包 animalcules: interactive microbiome analytics and visualization in R Mi ...

本文转自肠道产业,点我阅读原文,有修改这是<肠道产业>第 583 篇文章编者按: 随着二代测序技术的成熟,微生物组领域蓬勃发展,并产生了大量数据,近年来研究所涉及的样本量和测序数据量更 ...

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