conda管理软件遇到的莫名其妙的的库文件缺少

初学者会大量依赖于conda傻瓜式管理软件,在这里首先强推《生信技能树》团队的卖萌哥在2021新年伊始的公开课:

https://www.bilibili.com/video/BV1Yy4y117SX

默认代码

$ conda install -y -c bioconda salmon
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done

## Package Plan ##

environment location: /home/miniconda3/envs/rna

added / updated specs:
    - salmon

The following packages will be downloaded:

package                    |            build
    ---------------------------|-----------------
    salmon-0.6.0               |                1         4.2 MB  bioconda
    ------------------------------------------------------------
                                           Total:         4.2 MB

The following packages will be SUPERSEDED by a higher-priority channel:

salmon                            anaconda/cloud/bioconda --> bioconda

使用时候会报错:

$ salmon 
salmon: error while loading shared libraries: libboost_iostreams.so.1.60.0: cannot open shared object file: No such file or directory

修正代码


$ conda install -y -c conda-forge -c bioconda  salmon
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done

## Package Plan ##

environment location: /home/miniconda3/envs/rna

added / updated specs:
    - salmon

The following packages will be downloaded:

package                    |            build
    ---------------------------|-----------------
    ca-certificates-2020.12.5  |       ha878542_0         137 KB  conda-forge
    certifi-2020.12.5          |   py37h89c1867_1         143 KB  conda-forge
    openssl-1.1.1j             |       h7f98852_0         2.1 MB  conda-forge
    ------------------------------------------------------------
                                           Total:         2.4 MB

The following packages will be SUPERSEDED by a higher-priority channel:

ca-certificates                anaconda/cloud/conda-forge --> conda-forge
  certifi                        anaconda/cloud/conda-forge --> conda-forge
  openssl                        anaconda/cloud/conda-forge --> conda-forge

仍然是同样的报错:

先猜测是版本问题

$ conda search salmon 
Loading channels: done
# Name                       Version           Build  Channel             
salmon                         0.5.1               0  anaconda/cloud/bioconda
salmon                         0.6.0               0  anaconda/cloud/bioconda
salmon                         0.6.0               1  anaconda/cloud/bioconda
salmon                         0.6.0     boost1.60_1  anaconda/cloud/bioconda
salmon                         0.6.0     boost1.60_2  anaconda/cloud/bioconda
salmon                         0.7.2     boost1.60_2  anaconda/cloud/bioconda
salmon                         0.7.2     boost1.60_3  anaconda/cloud/bioconda
salmon                         0.7.2     boost1.61_3  anaconda/cloud/bioconda
salmon                         0.8.0     boost1.60_0  anaconda/cloud/bioconda
salmon                         0.8.0     boost1.61_0  anaconda/cloud/bioconda
salmon                         0.8.1               0  anaconda/cloud/bioconda
salmon                         0.8.2               0  anaconda/cloud/bioconda
salmon                         0.8.2               1  anaconda/cloud/bioconda
salmon                         0.9.0               0  anaconda/cloud/bioconda
salmon                         0.9.1               0  anaconda/cloud/bioconda
salmon                         0.9.1               1  anaconda/cloud/bioconda
salmon                        0.10.0               1  anaconda/cloud/bioconda
salmon                        0.10.1               1  anaconda/cloud/bioconda
salmon                        0.10.2               1  anaconda/cloud/bioconda
salmon                        0.11.0      h445c947_0  anaconda/cloud/bioconda
salmon                        0.11.1      h445c947_0  anaconda/cloud/bioconda
salmon                        0.11.2      h445c947_0  anaconda/cloud/bioconda
salmon                        0.11.3      h86b0361_1  anaconda/cloud/bioconda
salmon                        0.11.3      h86b0361_2  anaconda/cloud/bioconda
salmon                        0.12.0      h86b0361_1  anaconda/cloud/bioconda
salmon                        0.13.0      h86b0361_1  anaconda/cloud/bioconda
salmon                        0.13.0      h86b0361_2  anaconda/cloud/bioconda
salmon                        0.13.1      h86b0361_0  anaconda/cloud/bioconda
salmon                        0.14.0      h86b0361_0  anaconda/cloud/bioconda
salmon                        0.14.0      h86b0361_1  anaconda/cloud/bioconda
salmon                        0.14.1      h86b0361_0  anaconda/cloud/bioconda
salmon                        0.14.1      h86b0361_1  anaconda/cloud/bioconda
salmon                        0.14.1      ha0cc327_2  anaconda/cloud/bioconda
salmon                        0.14.2      ha0cc327_0  anaconda/cloud/bioconda
salmon                        0.14.2      hf69c8f4_1  anaconda/cloud/bioconda
salmon                        0.15.0      hf69c8f4_0  anaconda/cloud/bioconda
salmon                         1.0.0      hf69c8f4_0  anaconda/cloud/bioconda
salmon                         1.1.0      hf69c8f4_0  anaconda/cloud/bioconda
salmon                         1.2.0      hf69c8f4_0  anaconda/cloud/bioconda
salmon                         1.2.1      hf69c8f4_0  anaconda/cloud/bioconda
salmon                         1.3.0      hf69c8f4_0  anaconda/cloud/bioconda
salmon                         1.4.0      hf69c8f4_0  anaconda/cloud/bioconda

我就纳闷了,为什么这么多个不同版本的salmon,conda居然是默认安装   0.6.0  ,我勒个去,不是说默认安装最新的吗?

指定版本安装

conda install -y salmon=1.4.0 
## Package Plan ##

environment location: /home/miniconda3/envs/rna

added / updated specs:
    - salmon=1.4.0

The following packages will be downloaded:

package                    |            build
    ---------------------------|-----------------
    libxml2-2.9.10             |       hee79883_0         1.3 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    salmon-1.4.0               |       hf69c8f4_0        14.4 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
    ------------------------------------------------------------
                                           Total:        15.7 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

jemalloc           anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::jemalloc-5.2.1-h9c3ff4c_5

The following packages will be REMOVED:

boost-1.74.0-py37h6dcda5c_3
  boost-cpp-1.74.0-hc6e9bd1_2

The following packages will be UPDATED:

salmon                           bioconda::salmon-0.6.0-1 --> anaconda/cloud/bioconda::salmon-1.4.0-hf69c8f4_0

神奇的事情发生了,确实解决了问题:

$ salmon 
salmon v1.4.0

Usage:  salmon -h|--help or 
        salmon -v|--version or 
        salmon -c|--cite or 
        salmon [--no-version-check] <COMMAND> [-h | options]

Commands:
     index      : create a salmon index
     quant      : quantify a sample
     alevin     : single cell analysis
     swim       : perform super-secret operation
     quantmerge : merge multiple quantifications into a single file

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