OSCA单细胞数据分析笔记12—Intergrating Datasets / 开普饭

推荐:江舜尧编译:多儿编辑:马莉法国图卢兹癌症研究中心学者Jean-Jacques Fourniéa等人于2019年5月22日在<PNAS>上发表题目为<Single-cell ...

PBMC移植小鼠模型通过将人的外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cell,PBMC)注射入免疫缺陷小鼠体内来重建人的免疫系统.该方法可以很快(第一周末)就可以 ...

基本概念关于批次效应的基本解释, 在10年的一篇综述当中是这么解释的. Batch effects are sub-groups of measurements that have qualitat ...

摘自:xuzhougeng https://www.jianshu.com/p/cf7a7341b0b6 目前该软件只支持Mouse和Human,不支持其他物种,因此不是这两个物种的小伙伴可以不用看了 ...

简介Seurat是一个r包,被设计用于单细胞rna-seq数据的细胞质控和分析.Seurat旨在使用户能够识别和解释单细胞转录组数据中的异质性来源,同时提供整合不同类型的单细胞数据的函数.目前Seur ...

编译:艾奥里亚,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读结肠癌(CRC)作为全世界范围内癌症相关死亡的主要原因之一,突显了更好地了解这种疾病以及开发新的诊断生物标记物和治疗干预措施的必要 ...

对应原版教程1-2章 http://bioconductor.org/books/release/OSCA/ 一.关于OSCA 1.教程内容这个系列教程详细的梳理.总结了单细胞测序数据分析的常规流程 ...

对应原版教程2-3章 http://bioconductor.org/books/release/OSCA/ (对R基本了解的读者可跳过这一节) 1.简介 R语言是生信人最熟悉的编程语言之一,其核心在 ...

对应原版教程第4章 http://bioconductor.org/books/release/OSCA/ SingleCellExperiment数据结构(下面简称sce)基于SummarizedE ...

对应原版教程第5章http://bioconductor.org/books/release/OSCA/overview.html 本小节概述了从测序到数据分析的基本流程,让我们对scRNA-seq先 ...

对应原版教程第6章 http://bioconductor.org/books/release/OSCA/overview.html 在单细胞数据分析中的第一步质控往往是剔除不合格的细胞.本小节主要 ...

对应原版教程第7章http://bioconductor.org/books/release/OSCA/overview.html 标准化是在剔除不合格细胞之后,尽可能消除细胞文库间大小的差异性,从而 ...

对应原版教程第8章http://bioconductor.org/books/release/OSCA/overview.htm 细胞的测序结果一般都有1万多的基因.从表达水平来看,其中大部分的信息可 ...

对应原版教程第9章:http://bioconductor.org/books/release/OSCA/overview.html 在scRNA-seq中,根据成千上万个基因表达信息(维度)定义细胞 ...

对应原版教程第10章http://bioconductor.org/books/release/OSCA/overview.html "物以类聚,人以群分" 分群步骤即将基因表达( ...

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