R语言并行计算加快土壤微生物生态学分析（1）：spearman相关系数加快共现网络构建速度 / 开普饭

数据代码文件打包欢迎加入微生信生物讨论群,扫描下方二维码添加小编微信,小编带你入伙啦,大牛如云,让交流变得简单.(记得备注姓名-研究方向-单位,防止不小心忽略) 微生物群落构建sparcc网络-一文 ...

最近一直在尝试对以往所写文章或所录视频内容进行梳理,考虑到大家在查找文章时可能存在的麻烦,于是将文章或视频的内容要点进行较全面的罗列.目前已完成以下70+篇文章(部分视频)的整理,后续继续努力,争取把 ...

在脑科学领域的研究中,进行相关分析必不可少,比如说,我们想知道计算出来的某个指标是否与临床数据或行为学数据之间存在正相关或负相关关系.计算相关系数,最常用的是Pearson相关系数和Spearman相 ...

写在前面算法肯定不同,功能相近. 时间戳:现在2020年8月8日,我在上周便构造了这个函数,用于模仿cytoscape网络的矩阵布局.类似下图的样式. 但是我觉得这个算法我写的不够完善,后面应该还会 ...

写在前面微生物生态学领域经常要使用三种差异分析方法,分别似乎MRPP,anosim,adonis.很多人也问,到底使用哪种方法比较好,当然也有一些博文对他们有过简单的区别,但是目前没什么大的不同.这 ...

今天我们来学习R语言DESeq2包,原理什么的后不说,在操作过程中点缀一下,等四个差异包推送完成后,咱们在对这四个包做差异分析的原理做一个比较分析: 这个包适用于: 高通量数据分析过程中,基于coun ...

一次偶然的机会我看到了这篇文章,发表于Cell Host & Microbe上,这个期刊也不怎么熟悉,就点了WB上的期刊信息: Systematic Characterization and ...

应该是我自己的学徒就贡献了一半的学习量吧,距离我夸下海口的10万工程师相差甚远,所以非常有必要放一些导学笔记,这个春节,难度你没有发现特别适合猫在家听视频搞学习吗?而且我们还有一系列免费数据分析提供给 ...

learning_microbiome_2 这两个包的安装比较麻烦无法下载得到github包,或者无法安装后,将github包手动下载下来,解压之后定位文件夹名称后安装这部分用来学习微生物组成的操 ...

R语言完整的Lefse分析写在前面怎么说呢,我在之前的推送中,在R语言中实现了LEFse分析过程.但是我没有将数据前处理和结果的物种分类图形做出来.这是一定要在R语言中操作的,要不然,仅仅是实现了 ...

"R实战"专题·第7篇编辑 | 科白维尼 1898字 | 4分钟阅读本期推送内容相关性分析通常用来定量描述两个变量之间的联系,正相关?负相关?不存在相关?等.常见相关 ...

https://blog.csdn.net/u012325865/article/details/88421813 pandas中DataFrame对象corr()方法的用法,该方法用来计算DataF ...

写在前面题目错误,更正为:EasyStat包.我们在分析群落数据的时候,往往相对丰度转化后就展示了,在差异分析中往往使用相对丰度做差异分析不是上上策,因为目前edger和Desep2包中的标准化方式 ...

上回我们说到,R语言16s进化树的构建,单单一个优秀的进化树对于我们不是做进化的人来讲,还是不够,有些华而不实,但是Y叔这个ggtree功能当然不止如此,Y叔也经常宣称其为真正的'支持图形语法':相比 ...

写在前面 alpha多样性主要包括三方面内容:多样性,丰富度和均匀度.就扩增子数据来说,大部分的文章都是使用OTU来做多样性分析.但是长期以来我们都知道,OTU多样性并不是真正的物种.最近看到一篇文章 ...

R语言并行计算加快土壤微生物生态学分析（1）：spearman相关系数加快共现网络构建速度