综述：高维单细胞RNA测序数据分析工具（上） / 开普饭

简介单细胞测序技术,简单来说,就是在单个细胞水平上,对基因组.转录组及表观基因组水平进行测序分析的技术.传统的测序,是在多细胞基础上进行的,实际上得到的是一堆细胞中信号的均值,丢失了细胞异质性(细胞 ...

编译:不二,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读背景:人体细胞图谱是一项大型的国际合作项目,旨在绘制人体所有细胞类型.单细胞RNA测序可以生成高质量的数据,绘制此类图谱.但是,新鲜样 ...

实体瘤肿瘤特异性免疫预后特征及其与免疫检查点治疗的关系首先让我们通过摘要了解下这篇文章的主要内容,为了阐明免疫细胞浸润作为实体肿瘤预后标志的作用,作者分析了四个公开的单细胞RNA-Seq数据集和TC ...

编译:罗睺,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读单细胞RNA测序(scRNA-seq)是研究脑和中枢神经系统(CNS)中单个细胞转录组的一种有前途的方法.这项技术充当了神经科学,计算 ...

编译:小北,编辑:夏甘草.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读在哺乳动物胚胎形成过程中,差异基因逐步构建起每个组织和器官系统的命运和复杂性.在本文中研究者系统的定量了10.5天胚胎的发育到出生小 ...

中国科学院动物研究所及中国科学院北京基因研究所的专家们,揭开了皮肤衰老过程中细胞类型特异性转录网络的变化,并首次绘制出了人类皮肤衰老的单细胞转录组图谱. 衰老,是人类的自然进程. 随着年龄增长,人体的 ...

导语今天和大家分享的是2020年1月份发表在SCIENTIFIC DATA杂志上的一篇文章(IF=5.929)"Single-cell RNA sequencing of human ki ...

编译:杨峰,编辑:夏甘草.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读心肌肥厚有时会作为对压力超负荷.容积超负荷或梗死后重塑引起的左心室(LV)壁应力增加的代偿反应出现.然而,在长期的疾病应激诱导的心肌 ...

生信实操随着测序技术的进步开发了一种单细胞转录组测序(scRNA-seq)技术,单细胞转录组测序技术可以一次检测成千上万个细胞的转录水平,在单细胞水平上检测和定量基因表达水平变化,从而揭示bulk ...

当你的才华还撑不起你的野心时,请潜下心来,脚踏实地,跟着我们慢慢进步.不知不觉在单细胞转录组领域做知识分析也快两年了,通过文献速递这个栏目很幸运聚集了一些小伙伴携手共进,一起成长. 文献速递栏目通过简 ...

当你的才华还撑不起你的野心时,请潜下心来,脚踏实地,跟着我们慢慢进步.不知不觉在单细胞转录组领域做知识分析也快两年了,通过文献速递这个栏目很幸运聚集了一些小伙伴携手共进,一起成长. 文献速递栏目通过简 ...

编译:刘娟,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读单细胞水平的分子异质性研究技术加深了我们对包括动脉粥样硬化斑块在内的组织中细胞生物多样性的了解.现有的商业化系统能从成千上万个单细胞中 ...

RNA测序相信大家已经接触到不少了,它的样品通常来自研究某一组织细胞群.这些细胞被认为是同质的,也就是说每一个细胞内的表达水平被认为是相似的.但事实上细胞之间的异质性的很普遍的,RNA测序最终将表达量 ...

摘要各种形式的肿瘤内异质性和复杂性会影响抗肿瘤治疗的疗效,导致治疗耐药性和转移.而近年来兴起的单细胞测序技术,结合数据整合方法的创新,使得精细理解肿瘤及肿瘤微环境中细胞间的相互作用,表征疾病进展过程 ...

编译:KT!,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读单细胞RNA测序技术在过去10年间的先进发展为生物医学研究带来了变革性的影响,使得单细胞转录组的分析获得了前所未有的分辨度和通量.单 ...

编译:有点卡,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读目前全世界癌症的发病率持续增加,约40%的癌症患者接受化疗,一种常见的副作用也伴随而生-胃肠道粘膜炎,通常表现为小肠绒毛缩短,粘膜上 ...

编译:胡胡,编辑:景行.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读躯体感觉是由多种初级感觉神经元的存在定义的,这些神经元具有独特的生物学特征以及对外部和内部刺激的反应特征.然而,关于细胞状态的多样性是 ...

编译:阿温,编辑:景行.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读肺癌是导致癌症患者死亡的主要原因,它表现出的异质性使其具有适应性,限制了治疗的成功,且仍没有被完全了解.本研究采用30名转移性肺癌患者 ...

综述：高维单细胞RNA测序数据分析工具（上）