单细胞转录组数据处理综述 / 开普饭

# 背景介绍单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术是以单个细胞分辨率研究复杂生物的转录组,这种形式能够为科学家研究细胞在表达模式上的异质性,特别是疾病细胞的异质性.scRNA-seq的快速发展为 ...

周佳萍2021-02-02 11:45 世界上没有两片相同的叶子,同样,也没有完全相同的细胞. 受精卵在发育过程中,基因表达的差异会导致细胞与细胞之间呈现差异化,最终分化成各种组织和器官,有些分化成神 ...

NGS数据分析的第一步永远是质量控制和预处理,以往类似的软件功能单一,速度慢,体验不佳. 为了解决这个问题,海普洛斯陈实富博士开发了开源的fastp,因为其速度奇快,功能强大,很快收到了用户们的喜爱. ...

编筐织篓,全在收口.今天是今年的最后一天,过了这一天,这一年就永远成为了那一年,难免会心泛波澜.思绪万千.今天又恰逢周末,都说总结好.大有益,于是我闲来无事想了很多,准备跟诸位亲们掰扯掰扯. 2016 ...

先吐槽一下自己:从公众号申请到现在,两年发了5个动态.立个Flag,2020年接下来发10个动态 . PPI互作分析用到的工具: STRING数据库+Cytoscape软件 1.STRING数据库 S ...

单细胞转录组测序很热,想必很多人都想学习一下.因为大家都喜欢热点,热点好搞基金,更好发文章,这是科研圈的共识.既然这么热,我们就从安装R包开始.这些包还是挺多的,包安装不好,后面的分析就没有办法做了呀 ...

如果你想亲手分析自己的数据,生信技能树联合单细胞天地也推出了:7个小时的单细胞转录组视频课程(限时免费) 足足7个小时,34集,涵盖了单细胞转录组背景知识以及数据处理的知识体系,希望能够帮助到你的课 ...

前面我们一起学习了单细胞转录组数据的上游分析,而且了解了自己的项目的样本数量和测序量,还过滤了不合格的细胞和基因, 系列教程目录如下: 01. 上游分析流程 02.课题多少个样品,测序数据量如何 03 ...

前面我们一起学习到了单细胞转录组数据的降维聚类分群,基本上跑的都是标准代码,里面很多细节参数是需要自己慢慢摸索的.保证单细胞转录组表达矩阵质量ok啦,而且需要去除了各种混杂因素. 因为参数需要自己摸索 ...

前面我们一起学习到了单细胞转录组数据的降维聚类分群,而且拿到的亚群,也可以解释其生物学意义,见:单细胞转录组数据处理之细胞亚群注释其实理论上细胞亚群是可以无限划分的,因为世界上没有两个一模一样的细胞 ...

前面我们一起学习到了单细胞转录组数据的降维聚类分群,而且拿到的亚群,也可以解释其生物学意义,见:单细胞转录组数据处理之细胞亚群注释,接下来可以把拿到的亚群进行更细致的分群,或者看不同样本不同组别的内部 ...

编译:Echo,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读纤维化是各种因素(生物因素.化学因素.物理因素等)损伤作用下导致细胞外基质的异常合成增加和(或)降解不足所引起的病理过程,是全球医 ...

编译:卡德加,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读植物功能是单个细胞在不同组织中协同作用的结果.RNA-seq测序技术和组织处理技术的进步使研究者能够捕获单细胞分辨率下的转录变化.单 ...

编译:冬日暖阳,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读纤维化主要病理特征是细胞外基质过度积聚,器官组织内纤维结缔组织增多,实质细胞减少,持续进展可导致器官结构破坏和功能减退,乃至衰竭, ...

编译:罗睺,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读单细胞RNA测序(scRNA-seq)是研究脑和中枢神经系统(CNS)中单个细胞转录组的一种有前途的方法.这项技术充当了神经科学,计算 ...

单细胞转录组数据处理综述