单样本的gsea分析图表 / 开普饭

富集分析基因富集分析(gene set enrichment analysis)是在一组基因或蛋白中找到一类过表达的基因或蛋白.研究方法可分为三种:Over-Repressentation Analy ...

GAEA df_all_sort <- df_all[order(df_all$logFC, decreasing = T),]#先按照logFC降序排序 gene_fc = df_all_so ...

GSEA(Gene Set EnrichmentAnalysis),即基因集富集分析,无需设定阈值来区分上调下调基因,使用所有的基因进行分析. GO 和 KEGG 可参考:R|clusterProfi ...

安装并导入要用到的R包 BiocManager::install("clusterProfiler") #感谢Y叔的clusterprofiler包 BiocManager::in ...

转换基因ID 如基因名是symbol,需要将基因ID转换为Entrez ID格式.Entrez ID实际上是指的Entrez gene ID,是对应于染色体上一个gene location的.每一个发 ...

随着可视化技术的快速发展,数据也在逐渐进步.借助于可视化大屏,数据可视化的数据分析图表,将数据以图表的形式进行分析,缩短了用户对于数据的理解时间,同时对于整体的布局也进行了一些美化. 那么,数据可视化 ...

通过前面的讲解,我们顺利的了解了GEO数据库以及如何下载其数据,得到我们想要的表达矩阵,但,这只是分析的开始,最经典的分析就是GSEA了,看看基因全局表达量的变化是否有某些特定的基因集合的倾向性. 历 ...

g写在前面昨天发了一个差点捅了马蜂窝的推文:费九牛二虎之力也无法重现的GSEA图 ,当时的确花了两三个小时也没能成功重复文章的GSEA图,觉得很有趣,就跟粉丝分享了,纯粹是交流数据处理技巧. 后来跟 ...

大家都知道,GSEA最重要的就是数据集的所有背景基因按照某种指标排序好,这样才能说明你感兴趣的基因集是否在背景基因集里面出现了统计学显著的富集情况,如下: 很明显,我们感兴趣的这个基因集,也就是 hu ...

我写了部分常见的TCGA数据库用法: TCGA的28篇教程-免疫全景图 TCGA的28篇教程-指定癌症查看感兴趣基因的表达量 TCGA的28篇教程-对TCGA数据库的任意癌症中任意基因做生存分析 TC ...

2019中秋节我们的全国巡讲本来应该是去贵州或者兰州,但无奈报名人数太少,临时调到广州.中秋节专场吸引到了几位中山大学临床统计方向博士研究生,其中一位小伙伴把她以前的统计学技能全部R语言化了,会出一系 ...

单样本的gsea分析图表