GSEA分析合理性讨论 / 开普饭

GSEA(Gene Set EnrichmentAnalysis),即基因集富集分析,无需设定阈值来区分上调下调基因,使用所有的基因进行分析. GO 和 KEGG 可参考:R|clusterProfi ...

任务选择p<0.05而且abs(log2FC)大于1的基因为显著差异表达基因集,对这个基因集用R包做KEGG/GO超几何分布检验分析. 把表达矩阵和分组信息分别作出cls和gct文件,导入到G ...

火山图(Volcano Plot)常用于展示基因表达差异的分布,横坐标常为Fold change(倍数),越偏离中心差异倍数越大:纵坐标为P value(P值),值越大差异越显著.得名原因也许是因为结 ...

GSEA是非常常见的富集分析方式,以前我们做GSEA需要用依赖java的GSEA软件,那个时候准备分析的文件可能要花上很长时间,报错还不知道如何处理.现在我们来学习一下R语言进行GSEA分析. 加载R ...

安装并导入要用到的R包 BiocManager::install("clusterProfiler") #感谢Y叔的clusterprofiler包 BiocManager::in ...

转换基因ID 如基因名是symbol,需要将基因ID转换为Entrez ID格式.Entrez ID实际上是指的Entrez gene ID,是对应于染色体上一个gene location的.每一个发 ...

GAEA df_all_sort <- df_all[order(df_all$logFC, decreasing = T),]#先按照logFC降序排序 gene_fc = df_all_so ...

Pearlshipping 目录 1. 剧情解读 1.1上帝视角下的剧情梳理 1.2 野崎小说对剧情设定的补充和相关区别 1.3另一种可能的解读及分析 2. 细节整理及浅析 2.1 电影主体部分 2. ...

通过前面的讲解,我们顺利的了解了GEO数据库以及如何下载其数据,得到我们想要的表达矩阵,但,这只是分析的开始,最经典的分析就是GSEA了,看看基因全局表达量的变化是否有某些特定的基因集合的倾向性. 历 ...

大家都知道,GSEA最重要的就是数据集的所有背景基因按照某种指标排序好,这样才能说明你感兴趣的基因集是否在背景基因集里面出现了统计学显著的富集情况,如下: 很明显,我们感兴趣的这个基因集,也就是 hu ...

我写了部分常见的TCGA数据库用法: TCGA的28篇教程-免疫全景图 TCGA的28篇教程-指定癌症查看感兴趣基因的表达量 TCGA的28篇教程-对TCGA数据库的任意癌症中任意基因做生存分析 TC ...

最近看到文章 Cancer Cell . 2020 Dec ,标题是<Cathepsin C promotes breast cancer lung metastasis by modulati ...

一.说明由于基于实测地震动和城市抗震弹塑性分析的地震力破坏分析方法及其软件RED-ACT是一个新生事物,其合理性和准确性需要经过系统.深入的地震检验.我们也深知,虽然这个方法在原理上有一点特色,但是 ...

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