基因富集分析算法介绍 / 开普饭

写在前面时间拨回去 2015年,那时我接触生信已有一年,TBtools 开发尚在萌芽阶段.那会,我写了几款小的软件,包括 "blast3go",为的是应对即将收费的"b ...

转录因子(Transcription Factor, TF)及其靶基因在人类疾病和生物学过程中起重要作用,转录因子敲降/敲除前后的基因表达谱分析是获得转录因子靶基因.探索转录因子功能的最重要策略之一. ...

2020年非肿瘤的免疫浸润肯定是一个大热门!还没有做的小伙伴就参考着这篇文章可以开始设计自己的课题了. Elucidating the molecular pathways and immune sy ...

TCGA转录组数据在完成差异分析后,我们通常希望系统地获取这些成百上千的差异基因的功能信息,帮助我们分析下游实验的思路.面对大量的差异基因,逐个查询基因功能是不切实际的.所以我们需要借助基因功能富集分 ...

解螺旋公众号·陪伴你科研的第2618天非肿瘤多数据集联合分析在进行生信分析的时候,如果搜索到好几个GEO数据集,不知道大家有没有这些困惑: 多个GEO数据集,应该分别分析,还是合并以后再一起分析呢 ...

任务选择p<0.05而且abs(log2FC)大于1的基因为显著差异表达基因集,对这个基因集用R包做KEGG/GO超几何分布检验分析. 把表达矩阵和分组信息分别作出cls和gct文件,导入到G ...

富集分析基因富集分析(gene set enrichment analysis)是在一组基因或蛋白中找到一类过表达的基因或蛋白.研究方法可分为三种:Over-Repressentation Analy ...

前几天和大家介绍了一下GEO数据库以及使用GEO2R进行差异表达分析GEO2R差异表达分析软件.几乎现在的套路性文章在做完差异表达分析后,都会去做GO和KEGG富集分析.那么GO和KEGG都是什么?富 ...

今天和大家分享的是2020年1月发表在Cancers Medicne(IF=3.491)上的一篇文章:"Identify potential clinical significance of ...

最近写了一段代码,基于肿瘤TCGA数据库进行一系列分析.只要输入基因名,就可以得到以下结果(注意:只能是mRNA的gene symbol) 1 泛癌表达:该基因在33种肿瘤中的表达 2 差异表达:肿瘤 ...

各位医学方的朋友,大家好.我是Flyman! 做过下游分析的小伙伴都知道富集分析的重要性,生信类文章大家总会在最后一步针对我们前面筛选出来的差异基因做一下GO/KEGG富集分析,研究一下他们参与到什么 ...

基因富集分析算法介绍