不在一个维度讨论-对不起Y叔 / 开普饭

身为一个公众号,如果不更新,那么太对不起关注的朋友们啦.然而,作为一个正经的果农,我确实没太多可以分享的.按照惯例,先宣传一下地球上最好的生物信息理论和技术交流QQ群(bioinformatics*C ...

前几天和大家介绍了一下GEO数据库以及使用GEO2R进行差异表达分析GEO2R差异表达分析软件.几乎现在的套路性文章在做完差异表达分析后,都会去做GO和KEGG富集分析.那么GO和KEGG都是什么?富 ...

引言前面两期主要为各位简单介绍了转录组测序以及转录组测序的方法,相信各位对转录组测序有了一定的了解.那么测序后进行数据分析,具体包含哪些分析内容呢?本文就详细为各位介绍一下. 分析内容 mRNA是具 ...

经络.丹田是古人通过内观和长期实践而具象化的概念,两者其实有着密不可分的联系.但前者被普遍应用到医学上,由于与现代科学理念大相庭径已逐渐远离普通人的视野,后者在道家修炼中占有极其重要的地位,又细分为上 ...

神仙生活的空间是不同的,根据等级的不同,几维空间也是不同的.在很多的书中也记载过,世界有三十三重天,也就证明有三十三个空间,人类生活在三维空间,每一维空间中住的人是不同的,越往上住的生物能力越大. 一 ...

ATAC系列连载: 第1篇:ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同第2篇:原始数据的质控.比对和过滤第3篇:用MACS2软件call peaks 第4篇:对ATAC-Seq/ChI ...

之前我有多个基因集的时候,比如下面这个: > head(moduleGenes[,2:3]) module chr 1 brown ENSG000001 ...

大家好,我是技能树的老朋友啦,三年前在群主的第一波RNA-seq入门8步活动中因为表现优异获得群主青睐成为技能树VIP一员,也开启了自己的学习经验分享人生! 转录组入门传送门考虑到技能树过于偏重于肿 ...

最近收到粉丝求助,本来是询问富集分析的时候,我给的参考代码,为什么pvaluecutoff值和qvaluecutoff值设到0.9,其实是怕大家富集不到结果.然后Y叔在自己的微信公众号中提到" ...

昨天宣传了Y叔的clusterProfiler包的让人眼花缭乱的可视化炫技,见:为R包写一本书(向Y叔致敬) .有趣的是粉丝留言提到:Y叔的图必须以富集出来的对象,比如enrichKK来画,如果是自己 ...

不管是 GO或者KEGG这样的常见数据库的注释结果,还是mesh,reactomePA, DOSE这样的略微小众的数据库资源,不管是超几何分布检验的富集还是GSEA的算法,都Y叔都有对应的可视化函数支 ...

写在前面之前我绘制圈图已经有很长时间的历史了,用过ggtree,也用过graphlan,虽然graphlan非常强大,但是确实很难搞.Y叔的这个包还是很强大的. GraPhlAn:最美进化树或层级分 ...

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