使用Y叔神包ggtree进行基因家族基因进化树构建 / 开普饭

之前我便说过,16s出图主要是用R,自这两年来Y叔的ggtree出来,好评不断,引用不断攀升这里当然借用Y树的包来做我们的进化树,当然Y叔公众号讲的更加深入和详细,有需要请关注:biobabble ...

上回我们说到,R语言16s进化树的构建,单单一个优秀的进化树对于我们不是做进化的人来讲,还是不够,有些华而不实,但是Y叔这个ggtree功能当然不止如此,Y叔也经常宣称其为真正的'支持图形语法':相比 ...

最近收到粉丝求助,本来是询问富集分析的时候,我给的参考代码,为什么pvaluecutoff值和qvaluecutoff值设到0.9,其实是怕大家富集不到结果.然后Y叔在自己的微信公众号中提到" ...

Y叔选择在11点之前发帖,那么就是要我回咯~~~ 生信编程直播第七题:写超几何分布检验! 说一点跟超几何分布检验无关的事情我真心不想讨论未被KEGG数据库收录的基因是否应该在做超几何分布检验的时候被 ...

ATAC系列连载: 第1篇:ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同第2篇:原始数据的质控.比对和过滤第3篇:用MACS2软件call peaks 第4篇:对ATAC-Seq/ChI ...

之前我有多个基因集的时候,比如下面这个: > head(moduleGenes[,2:3]) module chr 1 brown ENSG000001 ...

昨天宣传了Y叔的clusterProfiler包的让人眼花缭乱的可视化炫技,见:为R包写一本书(向Y叔致敬) .有趣的是粉丝留言提到:Y叔的图必须以富集出来的对象,比如enrichKK来画,如果是自己 ...

不管是 GO或者KEGG这样的常见数据库的注释结果,还是mesh,reactomePA, DOSE这样的略微小众的数据库资源,不管是超几何分布检验的富集还是GSEA的算法,都Y叔都有对应的可视化函数支 ...

写在前面之前我绘制圈图已经有很长时间的历史了,用过ggtree,也用过graphlan,虽然graphlan非常强大,但是确实很难搞.Y叔的这个包还是很强大的. GraPhlAn:最美进化树或层级分 ...

学习使用genefu这个包,首先需要安装它!source("http://bioconductor.org/biocLite.R")options(BioC_mirror=&quo ...

使用Y叔神包ggtree进行基因家族基因进化树构建