一文学会网络分析——Co-occurrence网络图在R中的实现 / 开普饭

写在前面 outputgephi函数:可以使用相关矩阵和微生物群落的phyloseq对象直接生成Gephi软件需要两个文件,直接保存即可. nodeEdge函数:可以生成边文件和节点文件,用于制作gg ...

数据代码文件打包欢迎加入微生信生物讨论群,扫描下方二维码添加小编微信,小编带你入伙啦,大牛如云,让交流变得简单.(记得备注姓名-研究方向-单位,防止不小心忽略) 微生物群落构建sparcc网络-一文 ...

Network layout in NCC style 2021年初,周集中团队在Nature Climate Change杂志上发表了一篇气候变暖对微生物网络复杂性与稳定性影响的文章见下文 Natu ...

一般来说,公共数据集都会给出表达量矩阵和具体不同细胞亚群特异性基因,比如 GSE122083 数据集背后的文献,就给出来了这些分群: NK (NKG7 and GNLY), NKT (CD3D and ...

写在前面之前我看到microbiomeSeq编写了这些函数,同时将zipi plot做的更加精细一些,但是代码实在是太难用了,尤其是包冲突事件实在是太多,所以我不得已将他的函数做了修改,并放到ggC ...

原文链接:http://tecdat.cn/?p=22886 这篇文章假定你已经知道如何用igraph库建立一个基本的网络图. 基本上,igraph允许将几种类型的输入转化为一个图形对象,可以使用pl ...

本次更新去除对microbiomeSeq的依赖: 因为这个包目前在github上,bioconductor上的不好用. 写在前面网络整体属性 - 平均度(Average degree)和平均加权度 ...

ggplot版本的网络图终于可以替代igraph了这是google上的一个尝试尝试:基于ggplot出图储存于list后批量拼图基于微生物大量的OTU,我尝试了18中layout 到这里我们就可 ...

曲与直文 | 中沙河曲线好画,直线难成曲和直,一直都在纷争从故乡出发,一路瑀行攀山岳,涉泥泞,顶逆风每一步,都是艰辛每一路,都是曲径等到艰难抵达,回望来处没有直线,只剩一道蛇行 ...

去年今日此门中文/高慧琳每天上下班,我都要步行穿过一条有些偏僻的小路,经过一座安安静静的小院落.小院里的两间平房总是房门紧锁,不知道它的主人去了哪里,更无从知晓它的用途.院子不大,除了有一棵姿态婀 ...

五月.麦子文 | 中沙河沉甸之后,适度的低头是必须认可的看惯了蓝天白云的纷争,回过身去认一认来路,别让籽粒距泥土太远冬春一瞬即过,城墙早为齑粉麦粒上诞生的王朝,又在麦穗上坍塌一粒籽实滋养 ...

五月·物语文 | 中沙河五月,是初夏递上的第一封情书不管你忐忑或者欣喜,它都在日益躁动的心跳里豌豆.菜荚.麦穗,这些肉麻的句子向你敞开胸怀,总有那么一段或者只言片语,能够打动到你 ...

五月.荷文 | 中沙河现在,所有的菜荚都已经满膛它们瞄准阳光,只待连枷一声令响所有子弹就倾巢出镗那些勇敢的四月花们,就这样倒在了冲锋的路上,成为硝烟里一粒粒失血的泥丸只有射程之外 ...

母亲的田园诗文 | 中沙河母亲目不识丁,一生只会在水田里插她的稻子,在旱地点些豆,栽些葱再丢几把玉米值此四月,我坐在母亲的田埂上构诗.写一些无关痛痒的呻吟什么草长莺飞,什么烟雨柳 ...

光阴的故事文 | 中沙河一部巨著,分上下两册红绿黄白,是它的分篇各论说书人手持唱本,在讲台上眉飞色舞看官们在屋檐下津津乐道,洗耳恭听听他把王朝说成硝烟,把繁荣称为腐坟把江山说成草木 ...

严禁"清考"引发热议,陈平原曾有如何上课三大良策日期:2019年10月14日 18:31:54 作者:陈平原 [导读]上周末,各大媒体争先报道教育部发布<关于深化本科教育教学 ...

荷塘羞色文 | 中沙河你对镜的时候,云朵在一旁偷看你濯足的时候,鱼群在裙下围观五月有太多美人出行,鸢尾妖冶石榴娇嗔,绣球圆润蔷薇拖家带口,只有你一捧羞涩不近烟火,不染尘面开出了花 ...

一文学会网络分析——Co-occurrence网络图在R中的实现