使用harmony等算法去除单细胞样品差异得谨慎 / 开普饭

编译:罗睺,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读流感病毒是全世界发病率和死亡率的主要原因之一.然而,细胞内病毒复制的影响和不同细胞类型的宿主反应的变化仍然未得到详细描述.本文中,研究 ...

编译:冬日暖阳,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 清华大学.北大三院.广州再生医学与健康广东省实验室马普中心等单位付卫.杨雪瑞和陈晔光等人于2019年11月21日在医学国际权威期刊Jou ...

流式细胞技术是利用流式细胞仪(flow cytomerty,FCM)进行的一种单细胞定量分析和分选技术.流式细胞仪的工作原理是使悬浮在液体中的分散的经荧光标记的细胞或微粒逐个通过样品池,同时由荧光探测 ...

A benchmark of batch-effect correction methods for single-cell RNA sequencing data对单细胞RNA测序数据的批次效应校正 ...

文献来源 Kharchenko, Peter V. The triumphs, and limitations of computational methods for scRNA-seq. Natu ...

导语今天和大家分享的是2020年1月份发表在SCIENTIFIC DATA杂志上的一篇文章(IF=5.929)"Single-cell RNA sequencing of human ki ...

我们做肿瘤研究的单细胞数据,一般来说会选择初步很粗狂的定义大的细胞亚群,比如我常用的第一次分群是通用规则是: immune (CD45+,PTPRC), epithelial/cancer (EpC ...

经过了大量的单细胞转录组数据分析基础讲解,相信大家对第一层次降维聚类分群都不陌生了.参考我们的<明码标价>专栏里面的单细胞内容明码标价之10X技术单细胞(2.5万每个)(标准100G测序 ...

在单细胞大行其道的近两年,我也安排了学徒们做了几百个有表达量矩阵可以下载的单细胞转录组文献图表复现,挑选其中100个成功的案例,提供代码给大家,希望对大家有帮助! 100个单细胞转录组图表复现今天要 ...

我们做肿瘤研究的单细胞数据,一般来说会选择初步很粗狂的定义大的细胞亚群,比如我常用的第一次分群是通用规则是: immune (CD45+,PTPRC), epithelial/cancer (EpC ...

Moutza 五指伸开叫停 Extender una mano para nosotros puedes significar tres cosas: espera, para o el número ...

多个样本单细胞转录组数据整合算法以 mutual nearest neighbors (MNNs)和canonical correlation analysis (CCA) 最为出名,见详细介绍多个 ...

编译:杨峰,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读小胶质细胞是脑内的免疫细胞,在脑的许多生理和病理过程中起着重要作用,包括神经退行性病变.在本文中,研究者描述了跨越超过4.5亿年进化的 ...

背景介绍如果是bulk RNA-seq,那么现在最流行的就是DESeq2 和 edgeR啦,而且有很多经过了RT-qPCR 验证过的真实测序数据可以来评价不同的差异基因算法的表现. 对单细胞测序数据 ...

刚才听了一个讲座,题目很吸引人,关于癌症研究和进化生物学的主题,主讲人是吳仲義教授,澳大濠江傑出訪問學者.芝加哥大學教授.2004年當選中央研究院院士及美國科學促進協會外籍會員.曾擔任芝加哥大學生態與 ...

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