使用inferCNV来推断CCLE转录组数据的拷贝数变异 / 开普饭

对于肿瘤细胞系的分析,之前我们介绍过 .但是随着CCLE系统的升级.之前介绍的一些功能基本上也用不了.按照之前的帖子,我们在进入CCLE网址之后,界面变成了下面的这个样子.所以为了更好的时候使用CCL ...

应用场景: 1.绝大多数请求都是用于读访问的2.数据需要以大批次(大于1000行)进行更新,而不是单行更新:或者根本没有更新操作 3.数据只是添加到数据库,没有必要修改4.读取数据时,会从数据库中提取 ...

前面我们介绍了单细胞转录组表达矩阵可以推断CNV的文献出处及历史,也简单过了一半broad开发的inferCNV软件,但是只运行了其测试数据,远远不够.单细胞转录组数据分析CNV使用broad出品的i ...

软件项目地址: https://github.com/broadinstitute/inferCNV.git 我在 https://mp.weixin.qq.com/s/Qns9TCSgNg_CQuw ...

有学员问10x的3'端测序来infer CNV 是否可靠? 这个问题,说实话,很难回答,因为要是能完整回答这个问题,其实就是一篇正经的生物信息学文章了. 而且以前的确有文章这样做,我看到过的文章是是 ...

编译:夕夕,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读差异表达分析(DE)和基因富集分析(GSE)常用于单细胞转录组研究中.本研究中,作者开发了一种集成且可扩展的方法--iDEA,可通过分 ...

编译:一个矫情的农民,编辑:Tracy.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读苹果是蔷薇科植物的一员,是世界上温带地区最重要的经济水果作物之一.苹果在成熟过程中伴随着味道.硬度.香气和颜色的巨大变 ...

本文编译自Nature Communications 美国芝加哥大学遗传医学部和人类遗传学系的Yang I. Li等于2019年3月1日在<Nat Commun>上发表题目<Prio ...

免疫治疗已经大大改变的抗肿瘤治疗的格局. 但不可否认的是免疫治疗需要解决的问题还有很多,最急迫的一个就是准确分辨能够从免疫治疗中获益的人群. 对PD-L1.TMB.微卫星不稳定等生物标志物的探索尚不足 ...

了解我的应该都知道我最近几个月都在奋战一个陌生的领域,单细胞转录组数据处理.真的很有挑战性,笔记累积了一大堆了,但是没有太值得分享的,大多是利用bulk转录组数据处理的经验而已,但是下面这个是单细胞转 ...

那个时候写教程,以软件安装,软件input和output为主,因为觉得新手最容易纠结的就是这些了,但是现在回过头来看,软件安装已经成了小菜一碟,对各种bam/sam/vcf/gtf也耳熟能详,所谓的i ...

使用inferCNV来推断CCLE转录组数据的拷贝数变异