IGV-基因组浏览器-改造记录（一） / 开普饭

一般情况下,我们得到了测序reads在基因组的比对情况文件bam格式的,里面的信息非常多,如果我想特定的查看某个基因的情况,那么我们可以选择IGV等可视化工具,但它并不是万能的,因为即使是一个基因,它 ...

下载IGV和导入文件的方法我就不多说了,可以直接在windows平台下使用,就跟你操作QQ一样,自己摸索就好了! 著名芬兰运动员Eero Mäntyranta,他拿过七枚奥运奖牌.他的血红细胞远超正常 ...

最近的全国巡讲不少人问到我两年前的直播基因组系列教程的完整目录,这里先放出直播我的基因组(第一阶段)完整目录.(悄悄告诉你,后台回复直播可以拿到精排版EXCEL表格!)(然后,点击阅读原文也可以拿到可 ...

[软件介绍]IGV软件的安装和基本介绍 - 目录 1. IGV 下载与安装 2. Java 安装及环境变量设置 3. IGV 基本介绍 3.1 IGV 界面布局 3.2 IGV 结果界面 3.3 序列 ...

下面是MeRIP-seq 图表复现笔记在上一期中我们得到hisat2的比对结果,见:m6A图文复现03-测序数据去除rRNA序列并且比对到参考基因组现在一起来看下比对情况,并且进行一些常规的可视化 ...

本文从以下五个方面介绍了可视化序列比对数据和相关的tracks: 文件格式:推荐的是BAM/SAM,其他格式,并且需要进行sorting&indexing Read 覆盖率:整体视图,默认的覆 ...

写在前面从图片来看,即小RNA的reads展示在染色体上,并用长度做可视化.这个需求,其实拿起任何一门语言,手写一个.svg就可以搞定了.只是读取read alignment数据想想比较辛苦.有比较 ...

写在前面还有两个小时....似乎还是有点紧张.想想,那就写写微信推文. IGV改造系列,一直会继续,直到或许是我们觉得似乎没有改造的必要. 在前述的改造记录中(https://www.jianshu ...

写在前面前面已经做了两次IGV浏览器的改造.在进行第二次改造后,我们会发现一个明显的需求.即,二级结构上同时附加每个碱基的测序深度(类似表达量),那么将能更好的帮助判断miRNA或者特殊的sRNA二 ...

写在前面前述,我们已经对IGV进行了超过三次改造,同时我也写了三个推送.写IGV改造系列推送的主要原因,事实是作为课题组成员使用改造的IGV时的参考教程. 在上一次RNAfold的窗口上,我们增加了 ...

写在前面 IGV是目前广泛使用的基因组浏览器.但在前述的推文中,我们已经提到过,其并没有较多我们做小RNA数据分析或可视化所需的特性.为此,我们已经介绍了四处我们课题组对IGV修改.我的意思是,我们做 ...

写在前面经过了前面的五次IGV改造,我以为这个系列可能就到此为止了. 然而在近期的数据分析过程中,我们仍然发现了一个新的需求: 在展示sRNA reads的时候,只看某个长度的reads,比如植物的 ...

写在前面活着的软件,不会停止更新.只是每一个软件更新(对外开放新版本)的频率不同.曾经TBtools平均每天一更,当然现在已经很长时间不更新了,或者确切地说,并不那么频繁地推出新版本了.这或许有两个 ...

写在前面高通量测序技术普及,大量物种基因组被测序.组装质量逐步提高,但基因结构注释的质量则一如既往的让人担心.错误的基因结构注释,可能会使得你得到错误的结果.比如: 不准确的基因结构注释,使得编码蛋 ...

写在前面 IGV是我认知范围内,得到最广泛使用的基因组浏览器.作为一个强大的软件,其支持各种测序数据的可视化,但对于小RNA测序数据的支持,却仍然一般.于是,我对其进行了几次小的修改,完成一个相对适 ...

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