IGV-基因组浏览器-改造记录（五） / 开普饭

距离公布要带500个优秀本科生入门生物信息学的活动不到一个月,虽然真正入选不到一百,但是培养成绩喜人,出勤率接近百分之百,大部分人在短短两个星期就完成了R基础知识学习,Linux认知,甚至看完了转录组 ...

系列目录 2019-10.预测BRCA基因功能缺陷的HRDetect基因集(逆向收费读文献) 2019-11 BRCA的甲基化信号分型(逆向收费读文献2019-11)赠送一篇文章思路 2019-12 ...

下载IGV和导入文件的方法我就不多说了,可以直接在windows平台下使用,就跟你操作QQ一样,自己摸索就好了! 著名芬兰运动员Eero Mäntyranta,他拿过七枚奥运奖牌.他的血红细胞远超正常 ...

最近的全国巡讲不少人问到我两年前的直播基因组系列教程的完整目录,这里先放出直播我的基因组(第一阶段)完整目录.(悄悄告诉你,后台回复直播可以拿到精排版EXCEL表格!)(然后,点击阅读原文也可以拿到可 ...

一般情况下,我们得到了测序reads在基因组的比对情况文件bam格式的,里面的信息非常多,如果我想特定的查看某个基因的情况,那么我们可以选择IGV等可视化工具,但它并不是万能的,因为即使是一个基因,它 ...

软件安装安装bioconda: 去官网下载和自己电脑系统一样的版本 https://conda.io/miniconda.html 下载完后,双击解压,然后cd 到文件目录,开始安装. # 安装 b ...

写在前面从图片来看,即小RNA的reads展示在染色体上,并用长度做可视化.这个需求,其实拿起任何一门语言,手写一个.svg就可以搞定了.只是读取read alignment数据想想比较辛苦.有比较 ...

我一直都相信, 只要有足够长的时间,没有什么事情是我们做不到的. 我也明白, 人的生命是有限的,所以追求的东西应该尽可能少. 我只是没想到, 很多时候,不是你没时间,而是你身边的人,等不了.而事实上, ...

写在前面还有两个小时....似乎还是有点紧张.想想,那就写写微信推文. IGV改造系列,一直会继续,直到或许是我们觉得似乎没有改造的必要. 在前述的改造记录中(https://www.jianshu ...

写在前面前面已经做了两次IGV浏览器的改造.在进行第二次改造后,我们会发现一个明显的需求.即,二级结构上同时附加每个碱基的测序深度(类似表达量),那么将能更好的帮助判断miRNA或者特殊的sRNA二 ...

写在前面前述,我们已经对IGV进行了超过三次改造,同时我也写了三个推送.写IGV改造系列推送的主要原因,事实是作为课题组成员使用改造的IGV时的参考教程. 在上一次RNAfold的窗口上,我们增加了 ...

写在前面经过了前面的五次IGV改造,我以为这个系列可能就到此为止了. 然而在近期的数据分析过程中,我们仍然发现了一个新的需求: 在展示sRNA reads的时候,只看某个长度的reads,比如植物的 ...

写在前面活着的软件,不会停止更新.只是每一个软件更新(对外开放新版本)的频率不同.曾经TBtools平均每天一更,当然现在已经很长时间不更新了,或者确切地说,并不那么频繁地推出新版本了.这或许有两个 ...

写在前面高通量测序技术普及,大量物种基因组被测序.组装质量逐步提高,但基因结构注释的质量则一如既往的让人担心.错误的基因结构注释,可能会使得你得到错误的结果.比如: 不准确的基因结构注释,使得编码蛋 ...

写在前面 IGV是我认知范围内,得到最广泛使用的基因组浏览器.作为一个强大的软件,其支持各种测序数据的可视化,但对于小RNA测序数据的支持,却仍然一般.于是,我对其进行了几次小的修改,完成一个相对适 ...

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