IGV-基因组浏览器-改造记录（四） / 开普饭

Track 3黄灰白车牌号:zhuoyu00520

Track 3白车牌号:zhuoyu00520

Track 3黑绿车牌号:zhuoyu00520

本文从以下五个方面介绍了可视化序列比对数据和相关的tracks: 文件格式:推荐的是BAM/SAM,其他格式,并且需要进行sorting&indexing Read 覆盖率:整体视图,默认的覆 ...

Track 3白橙车牌号:zhuoyu00520

[软件介绍]IGV软件的安装和基本介绍 - 目录 1. IGV 下载与安装 2. Java 安装及环境变量设置 3. IGV 基本介绍 3.1 IGV 界面布局 3.2 IGV 结果界面 3.3 序列 ...

Track 3白车牌号 :zhuoyu00520

写在前面从图片来看,即小RNA的reads展示在染色体上,并用长度做可视化.这个需求,其实拿起任何一门语言,手写一个.svg就可以搞定了.只是读取read alignment数据想想比较辛苦.有比较 ...

我一直都相信, 只要有足够长的时间,没有什么事情是我们做不到的. 我也明白, 人的生命是有限的,所以追求的东西应该尽可能少. 我只是没想到, 很多时候,不是你没时间,而是你身边的人,等不了.而事实上, ...

写在前面还有两个小时....似乎还是有点紧张.想想,那就写写微信推文. IGV改造系列,一直会继续,直到或许是我们觉得似乎没有改造的必要. 在前述的改造记录中(https://www.jianshu ...

写在前面前面已经做了两次IGV浏览器的改造.在进行第二次改造后,我们会发现一个明显的需求.即,二级结构上同时附加每个碱基的测序深度(类似表达量),那么将能更好的帮助判断miRNA或者特殊的sRNA二 ...

写在前面 IGV是目前广泛使用的基因组浏览器.但在前述的推文中,我们已经提到过,其并没有较多我们做小RNA数据分析或可视化所需的特性.为此,我们已经介绍了四处我们课题组对IGV修改.我的意思是,我们做 ...

写在前面经过了前面的五次IGV改造,我以为这个系列可能就到此为止了. 然而在近期的数据分析过程中,我们仍然发现了一个新的需求: 在展示sRNA reads的时候,只看某个长度的reads,比如植物的 ...

写在前面活着的软件,不会停止更新.只是每一个软件更新(对外开放新版本)的频率不同.曾经TBtools平均每天一更,当然现在已经很长时间不更新了,或者确切地说,并不那么频繁地推出新版本了.这或许有两个 ...

写在前面高通量测序技术普及,大量物种基因组被测序.组装质量逐步提高,但基因结构注释的质量则一如既往的让人担心.错误的基因结构注释,可能会使得你得到错误的结果.比如: 不准确的基因结构注释,使得编码蛋 ...

写在前面 IGV是我认知范围内,得到最广泛使用的基因组浏览器.作为一个强大的软件,其支持各种测序数据的可视化,但对于小RNA测序数据的支持,却仍然一般.于是,我对其进行了几次小的修改,完成一个相对适 ...

IGV-基因组浏览器-改造记录（四）