IGV-基因组浏览器-改造记录（六） / 开普饭

编译:晨晨,编辑:景行.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读植物基因组编码区有很强的保护,不同植物物种的根的结构差异很大,相同物种不同的生态型之间也存在差异.不同生态型植株的非编码RNA进化迅速 ...

编译:Nicole,编辑:景行.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读在植物中22个核苷酸的小RNA(sRNA)触发次级小干扰RNA(siRNA)的产生并增强沉默.DICER-LIKE 2(DCL ...

下面是MeRIP-seq 图表复现笔记在上一期中我们得到hisat2的比对结果,见:m6A图文复现03-测序数据去除rRNA序列并且比对到参考基因组现在一起来看下比对情况,并且进行一些常规的可视化 ...

一般情况下,我们得到了测序reads在基因组的比对情况文件bam格式的,里面的信息非常多,如果我想特定的查看某个基因的情况,那么我们可以选择IGV等可视化工具,但它并不是万能的,因为即使是一个基因,它 ...

编译:罗睺,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读小RNA测序的进展揭示了哺乳动物细胞中小非编码RNA(sRNA)类的巨大多样性.在这一点上,大多数糖尿病研究者意识到microRNA( ...

写在前面从图片来看,即小RNA的reads展示在染色体上,并用长度做可视化.这个需求,其实拿起任何一门语言,手写一个.svg就可以搞定了.只是读取read alignment数据想想比较辛苦.有比较 ...

我一直都相信, 只要有足够长的时间,没有什么事情是我们做不到的. 我也明白, 人的生命是有限的,所以追求的东西应该尽可能少. 我只是没想到, 很多时候,不是你没时间,而是你身边的人,等不了.而事实上, ...

写在前面还有两个小时....似乎还是有点紧张.想想,那就写写微信推文. IGV改造系列,一直会继续,直到或许是我们觉得似乎没有改造的必要. 在前述的改造记录中(https://www.jianshu ...

写在前面前面已经做了两次IGV浏览器的改造.在进行第二次改造后,我们会发现一个明显的需求.即,二级结构上同时附加每个碱基的测序深度(类似表达量),那么将能更好的帮助判断miRNA或者特殊的sRNA二 ...

写在前面前述,我们已经对IGV进行了超过三次改造,同时我也写了三个推送.写IGV改造系列推送的主要原因,事实是作为课题组成员使用改造的IGV时的参考教程. 在上一次RNAfold的窗口上,我们增加了 ...

写在前面 IGV是目前广泛使用的基因组浏览器.但在前述的推文中,我们已经提到过,其并没有较多我们做小RNA数据分析或可视化所需的特性.为此,我们已经介绍了四处我们课题组对IGV修改.我的意思是,我们做 ...

写在前面活着的软件,不会停止更新.只是每一个软件更新(对外开放新版本)的频率不同.曾经TBtools平均每天一更,当然现在已经很长时间不更新了,或者确切地说,并不那么频繁地推出新版本了.这或许有两个 ...

写在前面高通量测序技术普及,大量物种基因组被测序.组装质量逐步提高,但基因结构注释的质量则一如既往的让人担心.错误的基因结构注释,可能会使得你得到错误的结果.比如: 不准确的基因结构注释,使得编码蛋 ...

写在前面 IGV是我认知范围内,得到最广泛使用的基因组浏览器.作为一个强大的软件,其支持各种测序数据的可视化,但对于小RNA测序数据的支持,却仍然一般.于是,我对其进行了几次小的修改,完成一个相对适 ...

IGV-基因组浏览器-改造记录（六）