生信新思路：单一肿瘤多聚腺苷酸化文献介绍 / 开普饭

UALCAN:(http://ualcan.path.uab.edu/index.html)是一个综合的.用户友好的.交互式的web资源,用于分析癌症组学数据.UALCAN的设计目的是: 提供对公开的 ...

GEPIA(http://gepia.cancer-pku.cn/index.html)这个工具可以说是分析TCGA数据库数据分析工具中比较简单好用的工具了,包括生存分析,表达差异分析,相关性分析等, ...

解螺旋公众号·陪伴你科研的第2590天无代码生信复现大家好,我是Jerry,今天我给大家分享一篇最新的单基因泛癌生信文章,该文章是发表于Frontiers in Immunology杂志上,最新影 ...

相信绝大多数研究肿瘤的科研工作者的工作都离不开某个特定的基因,现在绝大部分的单基因的生信文章也都有这么一个图,我就随便列举一些文章的Figure1 比如再比如再比如再比如再比如再比如再比如 ...

第一步,下载GEO数据库的环状RNA和miRNA.mRNA数据第二步,分别对环状RNA和miRNA.mRNA数据做差异分析(多个数据集取交集) 第三步,挑选出重要的环状RNA预测下游的miRNA,预 ...

学TCGA数据库并不是为了发"套路"文章,那些基本上是本科生毕业设计的水准,但是阅读这样的文章的确可以很大程度上帮助大家认识TCGA数据库,主要是了解它可以做什么,比如我昨天在生信 ...

今天和大家分享的是2020年1月发表在Cancers Medicne(IF=3.491)上的一篇文章:"Identify potential clinical significance of ...

之前我们发布了单基因泛癌分析相关的文章,包括 TCGA单基因免疫相关泛癌分析 TCGA单基因免疫相关泛癌分析-进阶版本 TCGA单基因泛癌分析:富集分析结果答疑这里有单基因在每种肿瘤中的表达图,仅限 ...

看你们都无心看文献,那就给你们看看神奇工具吧 ,今天给你们讲的这个--就是--微型电视机-- 卖身契许冠杰 - 钜片名曲选呃,实际上就是一个miRNA的小工具, 其实还蛮有意思的-- 首先随便输入 ...

系列帖的由来最近一直是在总结核酸研究杂志2019发表的数据库(关于这个他们杂志专门发了一个总结文献,感兴趣的可以去看看,PMID: 31906604,如果懒得自己看,可以每天看一下我们公众号就行), ...

前几天一直在和大家分享一些关于3'UTR以及3'UTR当中的APA(Alternative Polyadenylation)的东西,为什么要花这么久的时间分享这些呢?主要还是看到了两篇利用 TCGA ...

昨天介绍的TC3A是基于TCGA肿瘤数据来进行分析的,而这次的这个APA atlas (https://hanlab.uth.edu/apa/)则是基于GTEx的数据来分析的.如果不清楚TCGA和GT ...

发现我们常见的生信发文热点有免疫评分.m6A.铁死亡等等,例如下面这三篇经典的范文: 1.Identification of Key Genes inThyroid Cancer Microenvir ...

小伙伴们大家好呀,今天要为大家介绍的是于2020年10月20日发表于cancers(IF=6.126)的文章,作者单位是德国亚琛工业大学附属医院. 本研究正常分析样品和膀胱癌样本之间鉴定出差异甲基化位 ...

文章:TIMER2.0 for analysis of tumor-infiltrating immune cells 肿瘤微环境中免疫细胞的组成和丰度强烈地影响着肿瘤的进展和免疫治疗的效果.由于直接 ...

一个文章套路的小故事 TCGA原始的数据库只有表达组学.甲基化.临床信息这些数据,所以大家在挖掘数据,最基本的就是在这几个组学里面来回的交叉融合.如果一个癌种别人交叉分析了,那其实基于基础的思路很难再 ...

从小白能懂的角度,聊生信方方面面.今天和大家聊一聊非肿瘤研究领域有哪些生信分析套路. 生信分析在医学科研中的应用已经越来越是大势所趋了. 为什么生信分析会这么火? 最重要的原因是便宜.性价比高. 一方 ...

生信新思路：单一肿瘤多聚腺苷酸化文献介绍