精心整理(含图PLUS版)|R语言生信分析,可视化
为了能更方便的查看,检索,对文章进行了精心的整理(PLUS)。建议收藏,各取所需,当前没用也许以后就用到了呢!

R资料+计划
R-plotly|交互式甘特图(Gantt chart)-项目管理/学习计划
Bioinfo
R|fastqcr QC数据处理 :测序结果的数据质控及图标展示;
Bioinfo|bedtools-操作VCF文件 VCF文件的常见合并,过滤等操作;
R|生存分析(1) :生存分析介绍以及R实现,KM绘图;


R|生存分析-结果整理 :一键式输出所有变量的COX结果;
R|timeROC-分析 :时间依赖的生存分析;

Nomogram(诺莫图) | Logistic、Cox生存分析结果可视化




maftools | 从头开始绘制发表级oncoplot(瀑布图)




ggalluvial|炫酷桑基图(Sankey),你也可以秀









ggplot2|玩转Manhattan图-你有被要求这么画吗?


TCGA + GEO
TCGA|根据somatic mutation绘制突变景观图(oncoplot)和基因词
barplot3d|圣诞节送你一个mutation signature搭建的“乐高”


base + ggplot2



ggplot2|theme主题设置,详解绘图优化-“精雕细琢”


ggplot2-annotation|画图点“精”,让图自己“解释”

R-ggpmisc|回归曲线添加回归方程,R2,方差表,香不香?

ggforce|绘制区域轮廓-区域放大-寻找你的“onepiece”














数据分析
Tidyverse|tidyr数据重塑之gather,spread(长数据宽数据转化)
tidyverse|数据分析常规操作-分组汇总(sumamrise+group_by)
Tidyverse| XX_join :多个数据表(文件)之间的各种连接
盘一盘Tidyverse| 只要你要只要我有-filter 筛选行
盘一盘Tidyverse| 筛行选列之select,玩转列操作
R-rbind.fill|列数不一致的多个数据集“智能”合并,Get!
Broom |tidy up a bit,模型,检验结果一键输出!
目标不变,希望能比较持续,系统的学习,输出带动输入!
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