精心整理(含图PLUS版)|R语言生信分析,可视化

为了能更方便的查看,检索,对文章进行了精心的整理(PLUS)。建议收藏,各取所需,当前没用也许以后就用到了呢!

R资料+计划

R语言精品资料年中无套路赠送

R-plotly|交互式甘特图(Gantt chart)-项目管理/学习计划

Bioinfo

R|fastqcr QC数据处理  :测序结果的数据质控及图标展示;

Bioinfo|bedtools-操作VCF文件 VCF文件的常见合并,过滤等操作;

R|生存分析(1) :生存分析介绍以及R实现,KM绘图;

R|生存分析 - KM曲线 ,必须拥有姓名和颜值

R|生存分析-结果整理 :一键式输出所有变量的COX结果;

R|timeROC-分析 :时间依赖的生存分析;

Nomogram(诺莫图) | Logistic、Cox生存分析结果可视化

Forest plot(森林图) | Cox生存分析可视化

R-forestplot包| HR结果绘制森林图

maftools|TCGA肿瘤突变数据的汇总,分析和可视化

maftools | 从头开始绘制发表级oncoplot(瀑布图)

R|tableone 快速绘制文章“表一”-基线特征三线表

ggballoonplot|气球图-多分类数据可视化

ggrisk|高效绘制风险因子联动图

ggalluvial|炫酷桑基图(Sankey),你也可以秀

R|散点图+边际图(柱形图,小提琴图),颜值区UP

UpSet|多集合可视化,韦恩图?upSet!

pheatmap|暴雨暂歇,“热图”来袭!!!

ggplot2-plotly|让你的火山图“活”过来

R|clusterProfiler-富集分析

ggplot2| 绘制KEGG气泡图

ggplot2|绘制GO富集柱形图

ggplot2|从0开始绘制PCA图

ggplot2|玩转Manhattan图-你有被要求这么画吗?

Bio|manhattan图

TCGA + GEO

TCGA|根据somatic mutation绘制突变景观图(oncoplot)和基因词

TCGA数据挖掘 | Xena - TCGA数据下载

TCGA | 以项目方式管理代码数据  以及 数据读取存储

差异分析|DESeq2完成配对样本的差异分析

barplot3d|圣诞节送你一个mutation signature搭建的“乐高”

deconstructSigs|探寻cosmic的独特“气质”-mutation signature !

base + ggplot2

R|绘图边距及布局

R-基本绘图参数(Ⅰ)

ggplot2|详解八大基本绘图要素

ggplot2|theme主题设置,详解绘图优化-“精雕细琢”

ggplot2 |legend参数设置,图形精雕细琢

ggplot2-annotation|画图点“精”,让图自己“解释”

R-ggpmisc|回归曲线添加回归方程,R2,方差表,香不香?

ggforce|绘制区域轮廓-区域放大-寻找你的“onepiece”

ggplot2|从0开始绘制直方图

ggplot2|从0开始绘制折线图

ggplot2|从0开始绘制箱线图

绘图系列|R-corrplot相关图

绘图系列|R-wordcloud2包绘制词云

绘图系列|R-VennDiagram包绘制韦恩图

ggplot2|发散性“正负”图

R|UpSet-集合可视化

ggplot2|ggpubr进行“paper”组图合并

ggplot2|扩展包从0开始绘制雷达图

R|plotly

ggstatsplot绘图|统计+可视化,学术科研神器

2-14 |“特殊”的日子,多学一种表达爱的方式

数据分析

R|批量循环处理同一格式文件-csv,txt,excel

R In Action |基本数据管理

数据分析|R-缺失值处理

数据分析|R-异常值处理

数据分析|R-描述性统计

数据处理|数据查重怎么办?去重,就这么办!

小数据| 描述性统计(Python/R 实现)

数据挖掘|R-相关性分析及检验

数据处理 | R-tidyr包

Tidyverse|tidyr数据重塑之gather,spread(长数据宽数据转化)

tidyverse|数据分析常规操作-分组汇总(sumamrise+group_by)

Tidyverse| XX_join :多个数据表(文件)之间的各种连接

Tidyverse|数据列的分分合合,一分多,多合一

盘一盘Tidyverse| 只要你要只要我有-filter 筛选行

盘一盘Tidyverse| 筛行选列之select,玩转列操作

R-rbind.fill|列数不一致的多个数据集“智能”合并,Get!

R-apply| 基因表达量批量二分类,Get!(修正版)

数据处理|R-dplyr

R|apply,tapply

数据处理|数据框重铸

Broom |tidy up a bit,模型,检验结果一键输出!

R|ML_code-入门(1)

R|ML_code-线性回归(2)

R|机器学习入门-多元线性回归(3)

目标不变,希望能比较持续,系统的学习,输出带动输入!

对了,部分文末有代码或者数据的获取方式,看到后按提示回复即可!

◆ ◆ ◆  ◆ ◆

【觉得不错,右下角点个“在看”,期待您的转发,谢谢!】

(0)

相关推荐