明码标价之公共数据库的生存分析 / 开普饭

以前一直用经典的MCP法分免疫浸润总感觉不好上篇文章上也写过这次用肠癌单细胞6万多的细胞的特异性基因,特异性基因我是一个一个看的,我选的标准是logfc大于1,而且如果是肿瘤细胞的特异性基因,那 ...

众所周知,肿瘤的TNM分期是目前临床上比较常用的分期方式之一: 其中的T代表的是肿瘤原发灶,其中包括原发灶的部位.大小.数目.侵犯的范围.浸润的深度等而N代表的是转移淋巴结,包括转移淋巴结的数目.大 ...

最近有粉丝在我们<生信技能树>公众号后台付费求助,想follow一个文章做他自己感兴趣的一个数据集的WGCNA分析. 因为他的课题是保密的,我这里不方便提疾病名字和数据集,就show他想 ...

最近一直沉迷于一个岛上生活的游戏,突然发现岛上求生的日子,其实和最近很多的利用公共数据库来挖掘生信文章很相似.因此也就像就着这个游戏来聊一下最基本的这类文章的分析思路.之后也就给大家来稍微的讲讲简单的 ...

长期更新列表: 使用R语言的cgdsr包获取TCGA数据(cBioPortal)TCGA的28篇教程- 使用R语言的RTCGA包获取TCGA数据 (离线打包版本)TCGA的28篇教程- 使用R语言的R ...

看到一篇文章提到了这个分析,其实这样的分析已经常规化了. 文章链接:https://www.nature.com/articles/s41467-018-04987-y 重点是作者对自己的生物学领域背 ...

看自己感兴趣的基因在自己研究的癌症的预后相关性是高频需求,其实就是拿到基因在癌症病人的表达信息,然后就可以根据表达量高低对病人进行分组,最后这个分组是否统计学显著的把病人的生存情况区分开来. 但是我没 ...

最近看到文献里面提到了针对膀胱癌的METTL3基因的生存分析,我定睛细看,发现并不是TCGA里面的表达数据,而是IHC的结果,如下: f. Kaplan-Meier survival curves o ...

看到华大基因团队的课题组丢在GigaScience杂志的一篇文章:Single-cell transcriptomic landscape of nucleated cells in umbilica ...

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