NGS可变剪切之STAR+rmats软件使用 / 开普饭

BRCA1基因为例 1 找到BRCA1在gtf文件中的坐标 zcat /mnt/f/kelly/bioTree/server/wesproject/reference/gencode.v25.anno ...

使用qualimap对wes的比对bam人家总结测序深度和覆盖度ls -lh *raw.vcf-rwxrwxrwx 1 root root 184M Jun 7 10:58 SRR7696207_ra ...

基于fastq测序数据可以做可变剪切,比如bioconductor流程rnaseqDTU 就说明了salmon软件和R包打配合,不过大多数情况下,我们其实已经采用了star或者hisat2软件对fas ...

今天在全国第8届生物信息学大会有幸听到了rMATS软件开发实验室PI的演讲,正好推送一波顾兄关于rMATS这款差异可变剪切分析软件的使用体验 PPT镇楼: rMATS是一款对RNA-Seq数据进行差异 ...

MA Anderson御用软件SpliceSeq已经是发表于2012的文章了:<SpliceSeq: a resource for analysis and visualization of R ...

前些天我在生信技能树介绍过star-fusion:最好用的融合基因查找工具终于正式发表了 ,然后在另外一个教程:一个好像没有做任何改变的参数提到了目前大量的单细胞转录组数据出来了,却没有一个文章去探 ...

关于可变剪切,简单而言就是,一个基因从DNA-mRNA的过程当中,由于剪切位点的不同,会形成不同的mRNA剪切变异体.对于可变剪切模式,之前的介绍TCGA SpliceSeq数据库的时候提到了数据库当 ...

编译:Young,编辑:Emma.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读可变剪接是指一个mRNA前体通过不同的剪接方式产生不同的mRNA剪接异构体.然而,在植物中蛋白质组复杂性的贡献仍然是难以捉摸 ...

可变剪切(Alternative splicing,AS)是基因转录时,通过组合不同的外显子,形成不同转录本的过程,在生命的信息传递过程中发挥着重要的作用,维持蛋白质多样性的主要机制.在不同组织或者发 ...

异源六倍体普通小麦(又称为面包小麦)占据了小麦种植品种的95%以上,为超过三分之一的人类提供主要能量来源,小麦的产量和品质直接关系到全人类的食物安全[1].小麦白粉病是一种世界范围的真菌性病害,每年造 ...

在生物体进化过程中,基因组及其包含的基因是不断变化的.在包括小麦在内的许多作物中,多倍体事件不仅导致了显著的基因组变化,并且在植物进化过程中也不断发生.小麦作为全球最重要的主食之一,用于粮食生产的主要 ...

NGS可变剪切之STAR+rmats软件使用