基于bam文件做可变剪切的软件leafcutter和rMATS的比较 / 开普饭

BRCA1基因为例 1 找到BRCA1在gtf文件中的坐标 zcat /mnt/f/kelly/bioTree/server/wesproject/reference/gencode.v25.anno ...

rMATS这款差异可变剪切分析软件的使用体验用LeafCutter探索转录组数据的可变剪切用Expedition来分析单细胞转录组数据的可变剪切使用SGSeq探索可变剪切用DEXSeq分析可变 ...

在此之前,我不止一次强调过QC的重要性,对全基因组测序等以找variation为主的分析流程来说,不仅仅是对测序数据的QC,还有比对之后的sam/bam文件也需要QC,最后找出的variation文件 ...

mats软件只要你运行成功, 结果还是喜人的, 不过目前TCGA数据库的可变剪切都是一个java软件,叫做spliceseq.我们下次再分享spliceseq咯,这次先让学徒带领大家摸索一下mats软 ...

MA Anderson御用软件SpliceSeq已经是发表于2012的文章了:<SpliceSeq: a resource for analysis and visualization of R ...

前些天我在生信技能树介绍过star-fusion:最好用的融合基因查找工具终于正式发表了 ,然后在另外一个教程:一个好像没有做任何改变的参数提到了目前大量的单细胞转录组数据出来了,却没有一个文章去探 ...

在越来越追求个性化的今天,可变数据印刷的要求也越来越多.调查表明,个性化营销与传统的大众营销方式相比,可以增加超过31%的总收入及利润.个性化的图文.图表.文档会明显提高反馈率,源于对收件人的一种尊重 ...

关于可变剪切研究的数据库,尤其是在肿瘤当中研究可变剪切的数据库.之前我们介绍过了[[tsvdb-可变剪切分析数据库]]以及[[TCGA Spliceseq-可变剪切相关数据库]] 这两个基于 TCGA ...

基于bam文件做可变剪切的软件leafcutter和rMATS的比较