使用MA Anderson御用软件SpliceSeq对TCGA数据库的RNA-seq找可变剪切

MA Anderson御用软件SpliceSeq已经是发表于2012的文章了：《SpliceSeq: a resource for analysis and visualization of RNA-Seq data on alternative splicing and its functional impacts》

实际上这些年针对RNA-seq找可变剪切的工具软件发展迅速，发表在December 2019的综述：《Systematic evaluation of differential splicing tools for RNA-seq studies》

• exon-based (DEXSeq, edgeR, JunctionSeq, limma),
• isoform-based (cuffdiff2, DiffSplice)
• event-based methods (dSpliceType, MAJIQ, rMATS, SUPPA).

SpliceSeq产生的可变剪切数据库

其实MA anderson已经使用御用软件SpliceSeq对TCGA数据库的全部的RNA-seq找可变剪切，并且把结果存放在网页工具，供所有人使用：https://bioinformatics.mdanderson.org/TCGASpliceSeq/

你可以很方便的在如何癌症里面查看你感兴趣的基因是否出现在TCGA数据库里面有可变剪切：

而且TCGA数据库的全部癌症的SpliceSeq软件结果数据都是可以下载的，所以催生了33*5篇数据挖掘灌水文章。

当然了，现在也有联合SpliceSeq软件结果与甲基化等其它数据结合起来灌水比如：https://bmcmedgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12920-019-0654-9

下载及安装

文档写的很详细哦，https://bioinformatics.mdanderson.org/public-software/spliceseq/installation/

mkdir -p ~/biosoft/SpliceSeqcd ~/biosoft/SpliceSeqwget http://projects.insilico.us.com/SpliceSeq_2.3/SpliceSeq.zipunzip SpliceSeq.zip cd SpliceSeqjava -jar SpliceSeq.jar --help

如果仅仅是查看帮助文档，会出现看起来很像是报错的：

No X11 DISPLAY variable was set, but this program performed an operation which requires it.

因为这个java软件是有UI界面的，跟fastqc一样，为了方便那些并不会shell编程的朋友使用它，可以直接鼠标点击即可使用。

软件使用过程也有完善的文档：https://bioinformatics.mdanderson.org/TCGASpliceSeq/faq.jsp

具体细节也很多：https://bioinformatics.mdanderson.org/public-software/spliceseq/methods/

这个软件并不大；

361 Apr 29 2016 DB.properties2.0K Apr 29 2016 SGAnalyzer.properties2.4K Apr 29 2016 SGAnalyzerPrograms.properties4.6M Apr 29 2016 SpliceSeq.jar 498 Apr 29 2016 SpliceSeq.properties 126 Apr 29 2016 SpliceSeq.state.properties3.9M Nov 3 2016 SpliceSeqAnalyze.jar1.5K Sep 10 18:40 SpliceViewer.log 65 Nov 3 2016 example 953 Apr 29 2016 log4j.xml

它有两个功能

浏览器功能（ SpliceSeq Viewer to Access the SpliceSeq DB）

这个通常是用不上的，因为我们可以直接在网页工具体验即可：https://bioinformatics.mdanderson.org/TCGASpliceSeq/

主要是还需要操作MySQL，这个东西对大部分生信工程师来说，都很难。

SpliceSeq Analyzer

需要配套的bowtie软件，如果是界面版本软件运行就比较简单

同样的需要读文档：https://bioinformatics.mdanderson.org/public-software/spliceseq/dataloading/

如果是命令行就复杂一点：

其实就是软件自带的 example 文件夹下面的两个配置文件需要修改啦。当然啦，作者本身其实推荐使用界面版本软件，方便配置。

结果解释

因为软件太古老，不想运行了，所以暂不解释。其实还是推荐其它软件工具哦，比如我前几年写过的教程：

• 用Expedition来分析单细胞转录组数据的可变剪切
• 使用SGSeq探索可变剪切
• 用DEXSeq分析可变剪切，外显子差异表达
• rMATS这款差异可变剪切分析软件的使用体验
• 用LeafCutter探索转录组数据的可变剪切
• 100篇泛癌研究文献解读之可变剪切事件大起底

更多资源

MA Anderson出品的其它软件：https://bioinformatics.mdanderson.org/public-software/

MA Anderson维护的TCGA数据库资源库：https://bioinformatics.mdanderson.org/StandardizedDataBrowser/