使用MA Anderson御用软件SpliceSeq对TCGA数据库的RNA-seq找可变剪切 / 开普饭

HBV是目前已知的感染人的最小DNA病毒,其基因组大小约为3.2 kb,包含4个高度重叠的开放阅读框(ORFs).除了这些经典的ORFs外,越来越多的证据表明,HBV还通过可变剪切形成了许多额外的OR ...

RNA测序(RNA-seq)在过往十年里逐渐成为全转录组水平分析差异基因表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具.RNA-seq帮助大家对RNA生物学的理解会越来越全面:从转录本在何时何地转录到RNA ...

miRNA作为ncRNA的一类.其主要发挥功能的主要方式是通过和基因形成双向互补链进而来影响基因的表达.因此通过miRNA和基因序列是否互补就可以遇到miRNA可能的靶基因了.这个基本上就是经典的预测 ...

关于可变剪切研究的数据库,尤其是在肿瘤当中研究可变剪切的数据库.之前我们介绍过了[[tsvdb-可变剪切分析数据库]]以及[[TCGA Spliceseq-可变剪切相关数据库]] 这两个基于 TCGA ...

关于可变剪切,简单而言就是,一个基因从DNA-mRNA的过程当中,由于剪切位点的不同,会形成不同的mRNA剪切变异体.对于可变剪切模式,之前的介绍TCGA SpliceSeq数据库的时候提到了数据库当 ...

可变剪切(Alternative splicing,AS)是基因转录时,通过组合不同的外显子,形成不同转录本的过程,在生命的信息传递过程中发挥着重要的作用,维持蛋白质多样性的主要机制.在不同组织或者发 ...

一个文章套路的小故事 TCGA原始的数据库只有表达组学.甲基化.临床信息这些数据,所以大家在挖掘数据,最基本的就是在这几个组学里面来回的交叉融合.如果一个癌种别人交叉分析了,那其实基于基础的思路很难再 ...

从组装好的基因组序列到基因注释这一步,说简单也简单,说难也难.这里的难是指,在转录水平上做到95%以上的准确率,还是比较困难的.我们前面曾经介绍过基因注释的一些内容. 基因注释一般是指采用生物信息学的 ...

编译:微科盟 Nicole,编辑:微科盟景行.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读拟南芥的昼夜节律控制着许多生理和分子过程,使植物能够预测其环境的每日变化.然而,mRNA水平变化如何与共转录/转 ...

体细胞突变(somatic mutation)是指患者某些组织或者器官后天性地发生了体细胞变异,虽然它不会遗传给后代个体,却可以通过细胞分裂,遗传给子代细胞.体细胞突变对肿瘤的发生发展有关键性的作用, ...

分析基本思路: 1.首先我们应该要知道什么是肿瘤的免疫细胞浸润模式,通过一些什么样的原理,可以用什么样的软件进行分析. 肿瘤免疫细胞浸润是指免疫细胞从血液中移向肿瘤组织,开始发挥它的作用,可以从肿瘤组 ...

让我们一起科研吧~ 小燕子肿瘤微环境是当前研究的一个热点,无论是国自然还是发SCI,都是比较热的点,那么,数据挖掘也不例外,很多人喜欢追随这样的热点.(肿瘤微环境是指肿瘤的发生.生长及转移与肿瘤细胞 ...

长期更新列表: 使用R语言的cgdsr包获取TCGA数据(cBioPortal)TCGA的28篇教程- 使用R语言的RTCGA包获取TCGA数据 (离线打包版本)TCGA的28篇教程- 使用R语言的R ...

在August 2018文章看到,作者使用了 49 FDA approved drugs to the 5605 tumor samples from 21 cancer types 这样的信息. T ...

看自己感兴趣的基因在自己研究的癌症的预后相关性是高频需求,其实就是拿到基因在癌症病人的表达信息,然后就可以根据表达量高低对病人进行分组,最后这个分组是否统计学显著的把病人的生存情况区分开来. 但是我没 ...

如果你不懂代码,不懂网站规则,那么最简单的就是直接使用UCSC xena 浏览器啦!!!网站:https://xenabrowser.net/datapages/ 理论上也可以完成大部分数据探索的,甚 ...

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