TCGA数据库的肿瘤病人也是有药物反应信息的 / 开普饭

miRNA作为ncRNA的一类.其主要发挥功能的主要方式是通过和基因形成双向互补链进而来影响基因的表达.因此通过miRNA和基因序列是否互补就可以遇到miRNA可能的靶基因了.这个基本上就是经典的预测 ...

Prognostic value of epithelial-mesenchymal transition markers in clear cell renal cell carcinomae EM ...

可变剪切(Alternative splicing,AS)是基因转录时,通过组合不同的外显子,形成不同转录本的过程,在生命的信息传递过程中发挥着重要的作用,维持蛋白质多样性的主要机制.在不同组织或者发 ...

有小伙伴后台留言说想知道 GEPIA 数据库的用法,正好最近一段时间GEPIA2更新了,其中也更新了一些新的功能.所以就趁着这个机会给大家介绍一下GEPIA2吧. 有小伙伴后台留言说想知道 GEPIA ...

要分析测序数据,一般都会想到的是TCGA (当然GEO上也有部分的测序数据).但TCGA上只有肿瘤的相关研究,我们如想要研究其他疾病,甚至研究其他物种的测序数据, 其实可以看点别的,比如上EMBL-E ...

GEO is a public functional genomics data repository supporting MIAME-compliant data submissions. Arr ...

分析基本思路: 1.首先我们应该要知道什么是肿瘤的免疫细胞浸润模式,通过一些什么样的原理,可以用什么样的软件进行分析. 肿瘤免疫细胞浸润是指免疫细胞从血液中移向肿瘤组织,开始发挥它的作用,可以从肿瘤组 ...

让我们一起科研吧~ 小燕子肿瘤微环境是当前研究的一个热点,无论是国自然还是发SCI,都是比较热的点,那么,数据挖掘也不例外,很多人喜欢追随这样的热点.(肿瘤微环境是指肿瘤的发生.生长及转移与肿瘤细胞 ...

长期更新列表: 使用R语言的cgdsr包获取TCGA数据(cBioPortal)TCGA的28篇教程- 使用R语言的RTCGA包获取TCGA数据 (离线打包版本)TCGA的28篇教程- 使用R语言的R ...

看自己感兴趣的基因在自己研究的癌症的预后相关性是高频需求,其实就是拿到基因在癌症病人的表达信息,然后就可以根据表达量高低对病人进行分组,最后这个分组是否统计学显著的把病人的生存情况区分开来. 但是我没 ...

如果你不懂代码,不懂网站规则,那么最简单的就是直接使用UCSC xena 浏览器啦!!!网站:https://xenabrowser.net/datapages/ 理论上也可以完成大部分数据探索的,甚 ...

因为TCGA计划跨时太长,这些年找somatic变异的软件也很多,所以TCGA团队下功夫在计划结束后(April 2018)完整的系统性的整理了最后的somatic突变数据.依托于文章:[Scalab ...

简称为: TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource (TCGA-CDR) 前面我们推送过另外两个大全: TCGA数据库maf突变资料官方大全 TCGA的pan-ca ...

早就告诉圈内好友,我把自己的28篇TCGA教程的部分知识点录制成为了视频,虽然播放量很少,但是看过的朋友都说收获很大,而且还有专门的笔记系统性介绍自己学习的收获,今天我们就分享其中一位优秀学员的笔记: ...

TCGA数据库的肿瘤病人也是有药物反应信息的