SNP调控选择性多聚腺苷酸化数据库

前两天我们介绍了选择性多聚腺苷酸化（alternative polyadenylation ，APA）在 TCGA 当中的计算数据库，以及利用 TCGA-APA 事件发表的一些文章，毕竟TCGA是一个多组学的数据库。既然有了 APA 的数据，那就可以和其他组学的数据来结合分析，比如和SNP的数据，所以就有了SNP2APA数据库了。

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数据库简介

SNP2APA（http://gong_lab.hzau.edu.cn/SNP2APA/）是一个评价SNP对于 APA 事件影响的数据库。作者通过 TCGA 数据库原始数据库获得其所有癌症当中的SNP芯片的数据。另外又通过我们之前介绍的 TC3A 的数据库来获得癌症患者当中的 APA 事件。由于是使用的TC3A的数据库，所以也是通过 PDUI 这个指标来评价 APA 事件的。进一步，作者将 TCGA 的 SNP 事件和 APA 事件进行联合分析，来寻找影响APA事件的SNP。

由于目前对于 SNP 影响基因表型的评价主要是通过 QTL 的算法来做的，例如mQTL（SNP对于表达的影响）、meQTL（SNP对于甲基化的影响），所以作者通过 QTL 来算法来评价SNP 对于 APA 的影响（作者称之为apaQTL），同时对于目标聚腺苷酸化信号（PASs）1MB 以内的称之为 cis-apaQTL，以外的则称之为 trans-apaQTL。由于 TCGA 还有生存的数据，所以进行了一下生存相关的分析（也就是 TC3A 的数据库没有正常的 PDUI，不然肯定会有差异分析的）。

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数据库使用

2.1 基本检索

数据库的使用很简单，我们可以选择专门的某一项来进行分析，也可以直接做搜索栏当中数据自己目标的SNP位点、基因名。

例如我们输入"rs12355517" 这个SNP位点。关于cis， trans，survival，GWAS 相关的信息。

通过上图我们可以看到，这个位点和基因的cis调控有关系。我们点击"Box Plot"就可以看到不同 SNP 型当中 PDUI 的差异了。

2.2 survial-apaQTL

关于 cis 和 trans 显示的结果是一样的，所以我们就不展示了。至于survial的话，数据库会根据不同的 SNP 型来绘制生存曲线，这样我们就可以看到不同的SNP型之间的生存差异了。

2.3 GWAS-apaQTL

对于 SNP 信息，在 GWAS 数据库里面已经提供了很多相关的表型，我们在这里可以检索 apaQTL 相关的 SNP 在 GWAS 表型当中的信息。

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数据下载

同样的数据库提供了不同的下载方式，我们可以下载不同肿瘤cis，trans，survival 以及 GWAS 的数据结果。

数据库总结

通过了解这个数据库的背景数据，我们也知道对于 APA 事件使用的其实是其他数据库的结果。对于 TCGA 数据库而言，由于有不同组学的数据，所以就可以来进行合理的组合分析。这次这个是 SNP 对 APA 的影响，下次会不会有突变对于 APA 的影响，或者进一步的看甲基化+APA 对于表达的影响呢？网上搜了一下，目前还没有相关文章，想发文章可以试着分析试一试的。

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