基因共表达聚类分析及可视化 / 开普饭

回顾单细胞RNA-seq分析介绍单细胞RNA-seq的设计和方法从原始数据到计数矩阵差异分析前的准备工作 scRNA-seq--读入数据详解 scRNA-seq--质量控制为什么需要Norm ...

关于stata命令的问题老师好,请教一下,在stata里面,vce(cluster stkcd)和 cluster( Stkcd)命令是一样的意思吗? 原理是一样的.好像不能同时使用vce 和clu ...

序第三单元第十讲:使用Seurat包载入数据,创建对象 1rm(list = ls()) 2Sys.setenv(R_MAX_NUM_DLLS=999) 3## 首先载入文章的数据 4load( ...

5.5 聚类信息的查看 cluster→summarization of clusters 聚类信息包括: Cluster size: silhouette mean(year): top terms ...

RNA注释这里以inDrop实验数据举例,spliced/unspliced的RNA可以通过: 使用dropEst 输出管道生成类似10X的 bam 文件: ~/dropEst/build/dro ...

今天是生信星球陪你的第803天大神一句话,菜鸟跑半年.我不是大神,但我可以缩短你走弯路的半年~ 就像歌儿唱的那样,如果你不知道该往哪儿走,就留在这学点生信好不好~ 这里有豆豆和花花的学习历程,从新手 ...

ComplexHeatmap可以绘制很复杂的热图,能满足日常以及文章所需,本次先简单的介绍单个热图绘制的内容. 单个热图由热图主体和热图组件组成.其中主体可分为行和列:组件可以是标题.树状图.矩阵名称 ...

一般来说单细胞表达量矩阵都是以基因为单位,我们可以很容易走常规的降维聚类分群并且合理的进行生物学命名,比如我们对官方 pbmc3k 例子,跑标准代码: library(Seurat) # https: ...

导读 2011年,肠型(Enterotypes)的概念首次在<自然>杂志上由Arumugam等[1]提出,该研究发现可以将人类肠道微生物组分成稳定的3种类型,因为这3种类型不受年龄.性别. ...

将外源基因(如Cre.EGFP.mCherry或LacZ等基因)插入内源基因终止密码子之前,引入外源基因的同时不破坏内源基因的表达,实现内源基因和外源基因的共表达. 基因共表达技术优势直接在受精卵阶 ...

编译:微科盟伊一,编辑:微科盟景行.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读作物野生亲缘物种的祖先适应性可以为作物改良提供遗传储备.在这里,研究者记录了野生和栽培鹰嘴豆的轻度和重度干旱胁迫的生理变 ...

编译:云佩b,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读芳香是水果一项重要的感官质量,对消费者的喜好性有巨大影响.猕猴桃中的酯类成分经历着快速持续的变化,是猕猴桃成熟时的香气来源.已有报道 ...

推荐:江舜尧编译:永稷编辑:马莉华中农业大学生命技术学院综合生物学研究中心作物遗传改良国家重点实验室的王学路教授以通讯作者于2019年4月12日在新植物学家期刊<New Phytologi ...

课程笔记粉丝:有单细胞线上课程吗? 小编:什么 ? 我们的单细胞转录组分析线上课程已经上线好久了,你们竟然都不知道吗,每篇推文后面的课程推荐没人看的吗,小编已哭晕在厕所好了,戏演完了,下面郑重介绍 ...

这个网站的网址为:http://www.coexpedia.org/index.php 不过这个网站只能有两个物种的数据,human和mouse,其他物种就做不了. 下面,我们进行具体的操作: 例如我 ...

基因过表达是指将一目标基因克隆到一个携带有强启动子和抗性筛选标记等元件的载体上,然后导入植物体内,这样宿主细胞会获得较高量的目标mRNA转录水平和蛋白表达水平,从而通过表型等分析可以研究该基因的功能. ...

Rosa26基因在大部分组织和细胞中都有持续表达,因此在这个区域定点插入外源基因,可以实现目的基因在各组织和细胞类型中的广泛表达. 定点基因过表达技术优势可获得身体大部分组织和各类型细胞中稳定表达外 ...

编译:Nicole,编辑:景行.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读当前针对真菌病原灰葡萄孢的防控策略依赖于常规杀真菌剂和宿主遗传抗性的组合,然而这些策略不足以保护植物免受这侵害.植物诱抗剂可以 ...

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