marker基因的表达量可视化 / 开普饭

学习单细胞转录组肯定先来一遍Seurat官网的标准流程. 数据来源于Peripheral Blood Mononuclear Cells (PBMC),共2700个单细胞, Illumina Next ...

简介Seurat是一个r包,被设计用于单细胞rna-seq数据的细胞质控和分析.Seurat旨在使用户能够识别和解释单细胞转录组数据中的异质性来源,同时提供整合不同类型的单细胞数据的函数.目前Seur ...

图片来源:pixabay.com 干燥综合征的病因可能有哪些? 辽宁中医药大学附属第一医院风湿科薛书燕医生干燥综合征的病因目前还不明确,多项研究表明,可能与遗传.感染和性激素水平有关. 免疫遗传学研 ...

怪不得再怎么撸PD-1都没用,暂时还没系统性地梳理怎么破解今早有大v在推上贴了一副比我年纪还大的图文章的核心:SCLC细胞株和肿瘤样本中的细胞相对其它类型的肺癌细胞表面MHC I型HLA-A.B. ...

m长期更新列表: 使用R语言的cgdsr包获取TCGA数据(cBioPortal)TCGA的28篇教程- 使用R语言的RTCGA包获取TCGA数据 (离线打包版本)TCGA的28篇教程- 使用R语言的 ...

不知道多少人看完了全网第一个单细胞课程(免费基础课程),免费学习地址在B站:https://www.bilibili.com/video/av38741055 而且完成结业考核20题:https:/ ...

为了分析不同类型.组织起源肿瘤的共性.差异以及新课题.TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划.参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov ...

不一定是转录水平的表达量. 看到一篇文章提到了这个DESI-MSI分析,可以说目前主流的研究都会引入表达芯片或者mRNA-seq测序来看敲减目标基因或者过表达基因后的效果,但是该文章探索的主要是蛋白质 ...

这个需求实在是太常见了,很多时候我们下载的表达矩阵,都是基因的探针ID作为行名来标记,如下: 这个变量是 dat,一个表达矩阵, 所以需要对探针进行注释,并且筛选. 首先看看注释的结果: 很明显可以看 ...

看到一个比较古老的生物学领域的研究文献,文章标题是:<Analysis of CUL-5 expression in breast epithelial cells, breast cancer ...

太多人咨询基因的各种ID转换问题,在非模式生物的物种里面更麻烦,因为数据库注释资源并不权威. 但是实际上这样的基因ID转换也不是必须的,因为差异分析要的是表达量矩阵,基因名字并不重要啊,后面的注释也是 ...

2 序言第四单元第一讲:计算基因在任意癌症表达量相关性课程链接在:http://jm.grazy.cn/index/mulitcourse/detail.html?cid=53 从题目可以看到,这 ...

单细胞转录组下游的降维聚类分群这样的基础操作相信大家应该是都没有问题了,参考前面的例子:人人都能学会的单细胞聚类分群注释 ,只需要你有一个基于基因的表达量矩阵的分析. 对转录组数据(包括单细胞转录组 ...

marker基因的表达量可视化