批次效应去除工具 / 开普饭

编译:刘娟,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读单细胞水平的分子异质性研究技术加深了我们对包括动脉粥样硬化斑块在内的组织中细胞生物多样性的了解.现有的商业化系统能从成千上万个单细胞中 ...

编译:月中霜,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 美国巴尔的摩的约翰·霍普金斯大学麦克库克-纳森基因医学研究所Liliana Florea团队于2019年11月1日在Nature子刊Nat ...

一般来说,数据分析的任何一个点都会有成百上千个实验室在为之努力,比如比对,定量,可变剪切,融合基因这些步骤,那么同时也会有很多工具测评的文章,比如针对融合基因的随便搜一下,就可以发现下面两个: 201 ...

文章信息文献标题:The triumphs and limitations of computational methods for scRNA-seq 发表时间:2020.06.21 发表杂志:N ...

RNA-seq这样的测序数据也可以的啊! 比如这篇Published: 12 March 2019的文章:Identification of Key Long Non-Coding RNAs in t ...

大家好,今天和大家分享的是2020年1月14日发表在Brief. Bioinformatics 上(IF=8.99)的一篇文章.作者对28例癌症患者的WES和RNA-seq数据,使用4种HLA分型工 ...

前面我在生信技能树推文:你确定你的差异基因找对了吗? 提出了文章的转录组数据的60个样品并没有按照毒品上瘾与否这个表型来区分,而是不同人之间的异质性非常高,这个时候我提出来了一个解决方案,就是理论上就 ...

最近参加了生信技能树曾老师的GEO数据挖掘月学徒培养,对一些文章中的GSE数据集走标准化分析流程. 小洁老师在去除批次效应的探索文件里给出了两种方法,一个是用R包limma中的函数removeBatc ...

多个样本单细胞转录组数据整合算法以 mutual nearest neighbors (MNNs)和canonical correlation analysis (CCA) 最为出名,见详细介绍多个 ...

考虑到咱们生信技能树粉丝对单细胞数据挖掘的需求,我开通了一个专栏<100个单细胞转录组数据降维聚类分群图表复现>,也亲自示范了几个,不过自己带娃,读博,时间精力有限,所以把剩余的90多个任 ...

好多人加了我之后,就问收费吗?我说不收费的模式,当然也会有一点点要求而已,但对于你来说不是门槛. 持续分享出你需要的有价值的东西,也算是一种收获. 如果还没有关注此公众号,请一定要星标喔!这样才不会错 ...

嘿!持续更新2天,离持续更新目标300天,还有298天. 好多人加了我之后,就问收费吗?我说不收费的模式,当然也会有一点点要求而已,但对于你来说不是门槛. 持续分享出你需要的有价值的东西,也算是一种收 ...

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原创小集市软件市集昨天马赛克去除软件,再见了,马赛克!有人说,马赛克就是阻碍人类进步的绊脚石,有码观影,始终如同隔靴搔痒,如鲠在喉. 随着科技的飞速发展,现在我们已经步入了人工智能时代,很多工 ...

推荐:江舜尧编译:卓求编辑:十九伦敦玛丽女王大学威廉·哈维研究中心David William Randall教授等人于2019年9月2日在Microbiome发表题目为<Batch eff ...

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