去除批次效应好，还是RobustRankAggreg优？ / 开普饭

基本概念关于批次效应的基本解释, 在10年的一篇综述当中是这么解释的. Batch effects are sub-groups of measurements that have qualitat ...

范振海邢时云冯源 [摘要]目的:采用生物信息学方法筛选出肝癌的关键差异表达基因.方法:对GEO公共数据库中获取的四组肝癌和癌旁组织基因表达芯片数据进行生物信息学分析,首先用R数据包中的limma程 ...

有小伙伴后台留言说想知道 GEPIA 数据库的用法,正好最近一段时间GEPIA2更新了,其中也更新了一些新的功能.所以就趁着这个机会给大家介绍一下GEPIA2吧. 有小伙伴后台留言说想知道 GEPIA ...

今天要介绍的这篇章是我们中国人写的,发表在Med Sci Monit上,这篇文章主要是通过下载GEO和TCGA的数据,通过差异表达分析,GO富集分析.KEGG富集分析,PPI分析,COX回归分析,筛选 ...

TCGA数据加载 #安装并加载R包if(length(getOption("CRAN"))==0) options(CRAN="https://mirrors.tuna. ...

前面我在生信技能树推文:你确定你的差异基因找对了吗? 提出了文章的转录组数据的60个样品并没有按照毒品上瘾与否这个表型来区分,而是不同人之间的异质性非常高,这个时候我提出来了一个解决方案,就是理论上就 ...

多个样本单细胞转录组数据整合算法以 mutual nearest neighbors (MNNs)和canonical correlation analysis (CCA) 最为出名,见详细介绍多个 ...

考虑到咱们生信技能树粉丝对单细胞数据挖掘的需求,我开通了一个专栏<100个单细胞转录组数据降维聚类分群图表复现>,也亲自示范了几个,不过自己带娃,读博,时间精力有限,所以把剩余的90多个任 ...

我们在进行公共数据挖掘的时候,经常会碰到要对多个数据集联合分析的时候,如果想要把这些数据放到一起进行分析的话,那么首先还是需要先去除批次效应才能进行分析的.之前我们的介绍的数据库的时候,也提到了两个和 ...

推荐:江舜尧编译:卓求编辑:十九伦敦玛丽女王大学威廉·哈维研究中心David William Randall教授等人于2019年9月2日在Microbiome发表题目为<Batch eff ...

一般情况下我们最好是在实验设计上就考虑到这一点. 但很多时候,数据分析者往往身不由己. Stanford 大学在MOOC上面的公开课:PH525x series - Biomedical Data ...

学徒已经陆续出师,是时候把生信技能树的舞台交给后辈了! 下面是YuanSH的分享首先要了解一下什么叫批次效应那么如何解决批次效应呢? limma 包中 removeBatchEffect 函数中出 ...

最近接到粉丝求助,他最近在跟着我B站课程和GitHub代码处理GEO 芯片: GSE113486 GEO平台已经进行了log2 转换和 Normalized signal intensity by ...

写教程的话,我的优点仅仅是量大,坚持了七年多写了超1万篇教程.但实际上绝大部分都浮于表面,深度不够. 恰好最近看到了一个超级优秀的博客,安排了其中几篇给学徒们翻译和理解,超级值得读! 阅读前面的翻译稿 ...

去除批次效应好，还是RobustRankAggreg优？