GEO数据挖掘流程+STRING VS R in KEGG/GO / 开普饭

Exploring the Key Genes and Pathways in the Formation of Corneal Scar Using Bioinformatics Analysis利 ...

今天要介绍的这篇章是我们中国人写的,发表在Med Sci Monit上,这篇文章主要是通过下载GEO和TCGA的数据,通过差异表达分析,GO富集分析.KEGG富集分析,PPI分析,COX回归分析,筛选 ...

欢迎来到医科研,这里是白介素2的读书笔记,跟我一起聊临床与科研的故事, 生物医学数据挖掘,R语言,TCGA.GEO数据挖掘. 这一节的内容包括应用 GEOquery包下载芯片数据,提取表达矩阵,提取m ...

利用一周多的时间,我们把最最基本的生信套路来讲解了一遍.正好前几天一个小伙伴拿了一篇相关文献在咨询问题.这里就拿这篇文献来总结一下我们目前写的这些东西. 这次我们来讲解的这边文献是2019-10-12 ...

Bioinformatics analysis of gene expression profiles of Inclusion body myositis包涵体肌炎基因表达谱的生物信息学分析一.研 ...

前几天和大家介绍了一下GEO数据库以及使用GEO2R进行差异表达分析GEO2R差异表达分析软件.几乎现在的套路性文章在做完差异表达分析后,都会去做GO和KEGG富集分析.那么GO和KEGG都是什么?富 ...

参考文章题目:Identification of biomarkers and construction of a microRNA‑mRNA regulatory network for clear ...

研究背景: 肺腺癌(LAD)是最普遍的肺癌类型.据报道,UDP-N-乙酰氨基葡糖焦磷酸化酶1(UAP1)的异常表达与癌细胞的许多生物学过程有关,但尚不清楚LAD中UAP1的表达. 研究方法: 生物信息 ...

An Integrated Network Analysis of mRNA and Gene Expression Profiles in Parkinson's Disease 帕金森病mRNA和 ...

欢迎来到医科研,这里是白介素2的读书笔记,跟我一起聊临床与科研的故事, 生物医学数据挖掘,R语言,TCGA.GEO数据挖掘. 功能富集分析在得到了差异基因的基础之上,进一步进行功能富集分析,这里 ...

参考文章:Bioinformatic analysis identifying FGF1 gene as a new prognostic indicator in clear cell Renal ...

这才是GEO数据库挖掘的正确姿势. 前阵子,酸谈学社的大师兄Ewen给大家介绍了一个GEO数据集分析工具shinyGEO.本期小编就再来给大家介绍一个来自大英帝国的GEO数据分析神器-GeoDiver ...

GEO数据挖掘系列文-第一期-胶质母细胞瘤文章标题 lncRNAs PVT1 and HAR1A are prognosis biomarkers and indicate therapy outc ...

第一讲:GEO,表达芯片与R 第二讲:从GEO下载数据得到表达量矩阵第三讲:对表达量矩阵用GSEA软件做分析第四讲:根据分组信息做差异分析第五讲:对差异基因结果做GO/KEGG超几何分布检验富集 ...

本次配套练习题,需要复现的文章是 lncRNAs PVT1 and HAR1A are prognosis biomarkers and indicate therapy outcome for di ...

学徒和学员已经陆续出师,是时候把生信技能树的舞台交给后辈了! 下面是学徒写的<GEO数据挖掘课程>的配套笔记(第6篇) 文献解读数据下载及理解差异性分析差异基因的富集分析 TNBC定 ...

前面我布置了一系列学徒作业,其中有一个虽然是单一作业,但是工作量相当于一个本科毕业设计:<GEO数据挖掘课程>配套练习题,关于这个课程学徒也写了一系列笔记:学徒写的<GEO数据挖掘课 ...

GEO数据挖掘流程+STRING VS R in KEGG/GO