R语言GEO数据挖掘-功能富集分析

相关推荐

• ”基因集打分“GSEA算法详解

  前两天介绍了一个开发中的单细胞数据分析相关R包,内置了,4(热图,气泡图,upset图,堆叠条形图)+4(密度散点图,半小提琴,山峦图,密度热图)美图,见 8种方法可视化你的单细胞基因集打分 ,蛮多小 ...

• clusterProfiler|GSEA富集分析及可视化

  GSEA(Gene Set EnrichmentAnalysis),即基因集富集分析,无需设定阈值来区分上调下调基因,使用所有的基因进行分析. GO 和 KEGG 可参考:R|clusterProfi ...

• 生信分析中GSEA分析(GO/KEGG富集分析)的重要性

  各位医学方的朋友,大家好.我是Flyman! 做过下游分析的小伙伴都知道富集分析的重要性,生信类文章大家总会在最后一步针对我们前面筛选出来的差异基因做一下GO/KEGG富集分析,研究一下他们参与到什么 ...

• 手把手教你用R做GSEA分析

  GSEA是非常常见的富集分析方式,以前我们做GSEA需要用依赖java的GSEA软件,那个时候准备分析的文件可能要花上很长时间,报错还不知道如何处理.现在我们来学习一下R语言进行GSEA分析. 加载R ...

• 单细胞功能注释和富集分析(GO、KEGG、GSEA)（2021公开课配套笔记）

  新课发布在B站了,马上有热心的粉丝看完后写了配套笔记: 下面是粉丝linbo的笔记投稿 多个亚群各自merker基因联合进行GO以及KEGG分析 在前面几节我们已经知道各个细胞亚群的maerker基因 ...

• 三阴性乳腺癌表达矩阵探索笔记之GSEA

  学徒和学员已经陆续出师,是时候把生信技能树的舞台交给后辈了! 下面是学徒写的<GEO数据挖掘课程>的配套笔记(第6篇) 文献解读 数据下载及理解 差异性分析 差异基因的富集分析 TNBC定 ...

• 如何获取非模式生物KEGG PATHWAY的基因集并用clusterProfile做GSEA？

  学徒和学员已经陆续出师,是时候把生信技能树的舞台交给后辈了! 下面是四川成都大熊猫基地学员原创教程 作者 so_zy, 2020-10-14 写此文档的缘由:在做GSEA分析时,由于研究的是非模式生物 ...

• cox可以火山图为什么gsea结果不行

  最近看到一个文献,是数据集:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE101668 GSM2711785    RKO-WT-rep1 ...

• 转录组学习八（功能富集分析）

  任务 选择p<0.05而且abs(log2FC)大于1的基因为显著差异表达基因集,对这个基因集用R包做KEGG/GO超几何分布检验分析. 把表达矩阵和分组信息分别作出cls和gct文件,导入到G ...

• 对！非肿瘤发生信文章就是这么简单！

  今天给大家带来的是2019年3月发表在J. Cell. Biochem( 3.448)杂志上的文章"Potentially critical roles of TNPO1,RAP1B,ZDH ...

• 三阴性乳腺癌表达矩阵探索笔记之差异基因富集分析

  学徒和学员已经陆续出师,是时候把生信技能树的舞台交给后辈了! 下面是学徒写的<GEO数据挖掘课程>的配套笔记(第3篇) B站课程<三阴性乳腺癌表达矩阵探索>笔记之文献解读 三阴 ...