在R里面对坐标进行基因组区域注释 / 开普饭

转录组学习一(软件安装)转录组学习二(数据下载)转录组学习三(数据质控)转录组学习四(参考基因组及gtf注释探究)转录组学习五(reads的比对与samtools排序)转录组学习六(reads计数与标 ...

很久以前我们介绍过Sushi这个R包可以绘制基因组区域reads覆盖情况,这次我们介绍另外一个功能更强大的R包 Gviz: 全称:Plotting data and annotation inform ...

比如把自己制作好的bam文件的坐标,跟提取自gtf文件的坐标信息对应起来,使用GenomicRanges包自带的函数即可. ann1 <- data.frame( GeneID=c(&quo ...

做DNA测序的朋友们一般来说,都会拿到突变位点信息,不管是SNV还是INDEL,都是一个基因组上面的坐标而已.而高通量测序的结果通常是需要做一下实验验证,最常见的就是sanger测序啦,需要设计引物来 ...

写在前面高通量测序技术的普及,带来的是遍地的基因组.昨日,OneKP项目又发了一个Paper[因为很久以前他们就发过,数据也早就可以获取].他们再发多少paper,事实上,我并没有太多感触,因为On ...

五年前,良好的转录分析实验耗费是10万元:而现在只要10万元可以获得大多数物种染色体水平的基因组:如果说五年前是转录组数据分析的高光时刻,那么现在,自然是基因组,尤其是比较基因组分析的高光时刻. 带着 ...

熟悉R绘图的朋友肯定知道,在普通绘图中,图片的大小可以直接在png()和pdf()中指定,而绘图区大小则可以用par()中的mar或mai来指定. 但是在ggplot2中,图片大小依然可以在png和p ...

[toc] 写在前面这部分主要用于注释功能,使用的还是之前分组装的结果(spades) ,其实之前已经对这个组装序列进行过多次物种和功能注释,例如megan一站式注释物种和功能.kraken注释物种 ...

目录一.什么是参考基因组和基因组注释?二.参考基因组版本命名1.常用人参考基因组对应表2.常用小鼠参考基因组对应表三.下载1.NCBI2.Ensemble3.GENCODE4.UCSC5.iGenom ...

响应生信技能树的号召:lncRNA数据分析传送门 , 一起来一个lncRNA数据分析实战! 下载原始测序数据: 在GEO数据库搜索GSE87182, 这里没有直接给出ftp地址,需要先从BioProj ...

在R里面对坐标进行基因组区域注释