circBase 数据库：研究环状RNA，怎能忘记它
# 背景介绍：
环状RNA（circRNA）是一类特殊的非编码RNA分子（在活体中有时也有表达），也是RNA领域最新的研究热点。与传统的线性RNA（linear RNA，含5’和3’末端）不同，circRNA分子呈封闭环状结构，不受RNA外切酶影响，表达更稳定，不易降解。大概在2010年开始，RNA-seq技术的发展以及专门的计算管道开发，引爆了circRNA 研究。
环状RNA的主要类型
近年的研究表明，circRNA分子富含microRNA（miRNA）结合位点，在细胞中起到miRNA海绵（ miRNA sponge）的作用，进而解除miRNA对其靶基因的抑制作用，升高靶基因的表达水平；这一作用机制被称为竞争性内源RNA（ceRNA）机制。通过与疾病关联的miRNA相互作用， circRNA在疾病中发挥着重要的调控作用。要开展环状RNA研究，那就不得不介绍这个数据库了~
circBase 数据库
http://www.circbase.org/
circBase 是一个环状RNA的数据库，收录多个物种的circRNA信息，采用了find_circ软件来预测去核糖体文库中的circRNA，数据库可以单个环状和列表形式对环状RNA进行搜索，还可以把全部环状RNA下下来，部署到本地服务器上面，还可以像UCSC一样使用序列进行blat比对，具体功能模块接下来一一介绍。
01
单次搜索可能存在的环状RNA
在首页搜索框中输入要搜索的内容，可输入的内容格式有：
--circBase标识符
--refseq转录本ID
--基因名称
--genomic coordinates
本次以搜索ZDHHC1为例，输入后点Search
这是出来的结果，有物种信息、基因组上位置，DNA正负链、circRNA 编号、基因组上长度、剪切后长度、检测样本、评分、重复序列、注释、转录本编号、对应基因名称等。Export results中点击可下载结果。
点击position genome browser link后：（表格中蓝色字体的内容可以链接到详细信息）
点击界面左方has_circ_0039826
has_circ_0039827按钮，会打开新的界面
点击View DNA for this teature(hg19/Human) 按钮，进入序列下载界面，按照默认参数，点击get DNA按钮，即可获取所需的circRNA序列信息。
circRNA序列信息包括“genomic”和“spliced”两个选项，分别是基因组上的信息和转录本信息。同时，也可在基因序列上下游增加长度，依据个人需要进行检索和下载即可。
02
list searc
使用list search可以搜索多个circRNA。在Organism中选好物种，有人、小鼠、线虫等，在list中输入circRNA的名字或者与circRNA相关的基因名或者直接上传文件。
在download中可以下载各物种中的circRNA数据，如果发现自己测序得到的circRNA不在这里面，那有可能就是新发现的circRNA。
在Export results 点击可下载结果（支持xlsx、txtcsv格式），如果要输出环状序列的fa格式的话，点击export fasta，并选择环状剪切的序列；
小tips：
多个环状RNA的选择较好的方式是选择环状RNA剪切长度适中，适合后面进行QPCR验证的，长度小于2000可能会好点，其次，选择比较多样品支持和scores比较多reads mapped上的；
circBase数据库是用到的基因组版本是hg19，但是在实际研究过程中发现circBase提供的位置信息在基因组上面是减1的，所以，从circBase上获得的环状RNA位置信息对应到基因组上，就要加1。
03
table browser
在table browser，circBase提供了更加灵活的筛选策略用户可以筛选各种条件，检索框示意如下：
04
blat
通过blat模块,可以输入fasta格式的查询序列，然后和数据库中的circRNA序列进行比较，，用于了解基因的物种保守性。
提交时要按顺序粘贴。如果序列为fasta格式，则可以一次提交多个序列（每个序列的标题行均以>开头，并包含序列的名称）
04
物种序列下载
做组学研究需要整个物种的circRNAs序列信息的时候，可以再导航栏点击”downloads“项进行选择，找到对应的物种，点击下载即可。
以上就是circbase中基本的、最常用的查询和检索使用方法，实际操作中也非常有用，如果想研究circRNAs，这个网站绝对是您的第一选择。