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NGS数据分析实践:05. 测序数据的基本质控 [1] - FastQC 目录前言 1. FastQC 1.1 帮助信息及运行代码 1.2 报告解读 1.3 小结文接上篇:NGS数据分析实践:04 ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读本系列的上一篇推文,即"开篇"中已经描述了宏基因组研究的基本思路和方法.先回顾一下,首先是收集样 ...

一.barcode是做什么的当今二代测序仪器中应用最为广泛的当属illumina公司的测序仪,以Hiseq-2000测序仪为例,其有2个流动槽(flowcell),每个flowcell有8条lane( ...

主要参考祝让飞的文章及Tufts 网站中的信息,特此致谢.首先放一张测序示意图,在DNA片段两端所加的序列即接头序列,也就是我们今天要讲述的主角. 测序示意图1 基本概念1.1 adapter接头, ...

写在前面大体用了半年(实际上 gap 了五个月),通过实现一系列插件,让所有人都可以在笔记本上完成基本的 RNAseq 数据分析.大体设计到的插件如下: 八步走 SRA 数据查询与整理:SRA XM ...

转录组测序(RNA-Seq)是当下生物医学科研领域的热点技术,在SCI论文中频频亮相.但是无论是以RNA-Seq为试验主体的论文,还是以RNA-Seq为分析辅助手段的论文,在发表之前总是绕不开一个问题 ...

写在前面课题需要,前述,在TBtools中开放了一个SraExperimentXML2InfoTable的功能.在这个功能的辅助下,我们较快的完成了阶段任务.筛选数据完成了,但是下载数据却出现了问题 ...

蓦然回首在身不由己,无法有什么动作的时候,我就会开始天马星空,胡思乱想.隐约想起了几年前,在华南农林学院某会议室,我大体介绍了一下 TBtools .介绍完了,有收到这么一个问题,"能不能 ...

核酸质控是NGS(Next Generation Sequencing)实验中必不可少的环节,精确的NGS实验结果也离不开合格的核酸质控.核酸质控主要是评估核酸的浓度,完整性.纯度及片段大小. 核酸样 ...

LongQC: A Quality Control Tool for Third Generation Sequencing Long Read Data 由于PacBio RS II .PacBio ...

每天都应该让每个幼儿感觉到老师对他的关爱一向开开心心上幼儿园的小虹突然不想上幼儿园了,妈妈问她:"怎么不想去幼儿园了?"她说:"老师不爱我了."妈妈再细问才了 ...

专题目录: 1.第1篇:ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同 2. 这部分内容包括对原始测序数据质控,然后比对过滤,这是所有NGS数据处理的上游分析. ATAC-Seq与其他方法不同 ...

本文由微科盟phage根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 微科盟原创微文,欢迎转发转载,转载须注明来源<微生态>公众号. 写在前面为什么要质控? 宏基因组测序一般用的是illum ...

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