宏基因组分析专题（3）：宏基因组数据的质控-fastQC和Trimmomatic的安装和使用 / 开普饭

一日一条命令-kneaddata 写在前面 kneaddata是一分结合质控和去除宿主的过程,集合了两个软件Trimmomatic和 Bowtie2,Trimmomatic作为质控软件应用的非常多,但 ...

但很多粉丝留言表示这些英文教程看不懂,数据也很分散,没有中文解说实在是很难跟下来,希望我们出一个手把手系列教程. 这个全套 MeRIP-seq 图表复现代码在GitHub:https://github ...

为进一步提高<微生物组实验手册>稿件质量,本项目新增大众评审环节.文章在通过同行评审后,采用公众号推送方式分享全文,任何人均可在线提交修改意见.公众号格式显示略有问题,建议电脑端点击文末阅 ...

DNA甲基化是一种非常基础且重要的表观修饰,在调控基因表达.转录因子结合和抑制转座子元件中起到关键的作用. 目前,DNA甲基化检测的技术已经比较成熟,例如高通量的WGBS.RRBS.MeDIP-seq ...

去除宿主徐序列bowtie2 本小节数据已更新:https://github.com/taowenmicro/Megagenome_learing. bowtie2算是目前去除宿主的主流脚本之一了,使 ...

[toc] 写在前面 kraken基于mini数据库.并且这个序列也比较少,所以,很快就能完成继续处理胶水操作:提取序列名称 zcat ./trimmomatic/SUBERR793599_for ...

前面我们介绍了一系列的LncRNA鉴定相关文献的案例精选: 4个发育时间点的总共12个鸡转录组测序样本的长非编码RNA的鉴定 59匹马的8个组织的长非编码RNA的鉴定 9个组织的37个样本的大豆的长非 ...

软件安装安装bioconda: 去官网下载和自己电脑系统一样的版本 https://conda.io/miniconda.html 下载完后,双击解压,然后cd 到文件目录,开始安装. # 安装 b ...

写在前面宏基因组相信会有很多人都会对他产生兴趣,但是却不像扩增子那样每个人都可以在自己的电脑上运行宏基因组数据.我们这份教程大部分都可以在帮你基本上运行了,只是有的数据库实在是太大了.例如:nr,所 ...

响应生信技能树的号召:lncRNA数据分析传送门 , 一起来一个lncRNA数据分析实战! 下载原始测序数据: 在GEO数据库搜索GSE87182, 这里没有直接给出ftp地址,需要先从BioProj ...

前面我们发布了明码标价之普通转录组上游分析,终于开始接单了,第一个项目介绍98个转录组测序数据的表达量获取,超级简单,就是耗费计算资源,500G的fastq数据文件,中间步骤加起来,起码耗费2个T的 ...

宏基因组分析专题（3）：宏基因组数据的质控-fastQC和Trimmomatic的安装和使用