赠你一只金色的眼 - 富集分析和表达数据可视化 / 开普饭

今天介绍一种环状RNA方向二区SCI发文思路,作者研究的是xxx环状RNA通过吸附xxx miRNA促进xxx基因的表达激活了xxx信号通路,从而发挥xxx作用(ceRNA调控机制).这篇文章发表在C ...

小提琴图在单细胞领域应用非常广泛,能比较好的展现具体的某个基因在不同的单细胞亚群的表达量高低分布情况,如下: 每个细胞亚群都有表达这个图说明了这个Igkc基因,在基本上每个细胞亚群都有表达,其中在编 ...

太多人咨询基因的各种ID转换问题,在非模式生物的物种里面更麻烦,因为数据库注释资源并不权威. 但是实际上这样的基因ID转换也不是必须的,因为差异分析要的是表达量矩阵,基因名字并不重要啊,后面的注释也是 ...

推荐:江舜尧编译:美少女编辑:马莉中山大学第三附属医院张琪教授联合南方医科大学药学院付卫明教授以及广州中医药大学张锦芳等人于2019年4月26日在基因组研究顶级期刊<Genome Biol ...

学徒和学员已经陆续出师,是时候把生信技能树的舞台交给后辈了! 下面是学徒写的<GEO数据挖掘课程>的配套笔记(第6篇) 文献解读数据下载及理解差异性分析差异基因的富集分析 TNBC定 ...

GSEA(Gene Set EnrichmentAnalysis),即基因集富集分析,无需设定阈值来区分上调下调基因,使用所有的基因进行分析. GO 和 KEGG 可参考:R|clusterProfi ...

我们有很多学徒数据挖掘任务,已经完成的目录见:学徒数据挖掘专题半年目录汇总(生信菜鸟团周一见) 欢迎大家加入我们的学习团队,下面看FPKM文件后该怎么下游分析文献标题是:Oncogenic lncR ...

最近收到粉丝求助,本来是询问富集分析的时候,我给的参考代码,为什么pvaluecutoff值和qvaluecutoff值设到0.9,其实是怕大家富集不到结果.然后Y叔在自己的微信公众号中提到" ...

GO分析相信是所有小伙伴都需要用到的,那么,我们如何使用R中的GOplot包绘制一张完美的GO富集分析图呢? 首先,我们打开R,用以下命令进行 G O p l o t 包的安装 install.pac ...

作者 | 单细胞天地小编刘小泽课程链接在:http://jm.grazy.cn/index/mulitcourse/detail.html?cid=55 这次会介绍如何进行差异分析及功能注释,以及 ...

赠你一只金色的眼 - 富集分析和表达数据可视化