热图、韦恩图、GO富集分析图（有了转录组数据不知道该怎么写文章，看我就对了！） / 开普饭

lncRNA起初被认为是基因组转录的"噪音",是RNA聚合酶II转录的副产物,不具有生物学功能.然而大量研究表明,lncRNA在细胞核内.核外,通过染色质修饰,转录调控,转录后调控 ...

蛋白核酸互作是指蛋白和DNA或者RNA之间的相互作用.主要的互作类型有蛋白和蛋白.蛋白和DNA.蛋白和RNA.RNA和小RNA之间的互作模式.作为中心法则的三大成员,他们之间的互作关系以及调控关系是后 ...

我们在介绍公共数据库的时候,经常会提到RNA-seq.Chip-seq.甲基化芯片等,对于不了解高通量测序的同学而言,不是很清楚这些都具体是什么.这里就很简单,目的性极强的介绍一下. 测序技术分类高 ...

我在我在04-转录组笔记推文任务列表(半年期)里面安排了6个经典综述和10篇转录组应用文献给大家,可惜愿意沉下心了认真苦学的并不多.(https://share.mubu.com/doc/14uneH ...

Enhanced B7-H4 expression in gliomas with low PD-L1 expression identifies super-cold tumors在PD-L1低表达 ...

太多人咨询基因的各种ID转换问题,在非模式生物的物种里面更麻烦,因为数据库注释资源并不权威. 但是实际上这样的基因ID转换也不是必须的,因为差异分析要的是表达量矩阵,基因名字并不重要啊,后面的注释也是 ...

一.单细胞single cell RNA-seq简介 1.Bulk RNA-seq(大量RNA-seq) Measures the average expression level for each ...

Formation of volatiles in response to tea green leafhopper (Empoasca onukii Matsuda) herbivory in te ...

今天我们再介绍一款生存分析的经典数据库,Kaplan-meier Plotter数据库,其操作上的选择更为丰富,图片可以直接用于论文无需后期处理,可以与PrognoScan数据库进行相互补充,称得上预 ...

本文由沐子星根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读韦恩图是科研中常见的一种图形,直观的展示出两组或者多组数据集之间的关系(交集和并集).今天推荐一款做韦恩图的软件-- ...

介绍一个R包UpSetR,专门用来集合可视化,当多集合的韦恩图不容易看的时候,就是它大展身手的时候了. 一载入R包数据 #安装及加载R包#install.packages("UpSetR ...

看到下面这个图,想必大家不会陌生,都能想到是韦恩图嘛,毕竟是科研文章中最常见的图形了,可以表示多个数据集之间的交互作用.但是具体怎么画呢?很复杂吗?其实不需要用R语言,只要几个简单的在线网站就可以搞定 ...

乌龟图: 为了保证过程有效运行和控制,组织应确定所需的准则及方法,这些准则和方法形成文件就是公司或企业的管理体系文件.在体系建设初期,公司必须建立管理文件体系,来保证公司达到所要求的(产品)质量和预期 ...

学员交流群有提问,说他虽然会绘制韦恩图了,但是想提取图中指定的元素,自己弄的代码非常笨拙,感觉是R语言学的不够好,希望我可以秀一秀高阶代码.恰好今天没有什么可以分享的,就写这个教程吧! 首先设置4个随 ...

前面我们提到过broad开发了工具来对单细胞转录组数据计算CNV及绘制热图,因为这个方法学本来就是他们建立起来的. 单细胞转录组数据分析CNV 使用broad出品的inferCNV来对单细胞转录组数据 ...

只要拖拖拖,就能画Venn,支持最高6组数据, 还能交互操作. 写在前面今天在测序行业爆料微信群,看到有两三人推了Venn图绘制的R包,强大,无话可说.见Y蜀黍公众号.但是相比之下,R包是需要使用者 ...

写在前面 <-零命令行-生信下游数据分析>的第四帖主题,定为韦恩图绘制总的来说,凡是相对不简单的分析,无论是否涉及到组学数据,韦恩图(Venn)都是常见的操作之一. 目前关于韦恩图绘制, ...

前文写道:对于集合的可视化,大多数使用的是韦恩图.一般集合不超过5个的时候,韦恩图可视化效果往往还是很不错的(无论是视觉效果,还是理解数据).对于多余5个集合的数据,建议使用集合可视化神包:UpSet ...

热图、韦恩图、GO富集分析图（有了转录组数据不知道该怎么写文章，看我就对了！）