善用公共数据库，从TCGA的乳腺癌多组学数据说起 / 开普饭

乳腺癌易感基因BRCA1和BRCA2是重要的抑癌基因,一旦发生致病变异,容易发生三阴性乳腺癌等恶性肿瘤.根据美国三阴性乳腺癌患者的两项大样本BRCA筛查结果,种系致病变异发生率分别为8.4%和10.4 ...

Pan-Cancer Analysis of Radiotherapy Benefits and Immune Infiltration in Multiple Human Cancers 多种人类癌 ...

Methylome and transcriptome analyses reveal insights into the epigenetic basis for the good survival ...

对于高维度的数据分析而言,例如RNA-seq的数据.我们在得到数据想要解释不同分组之间的差异的基因.往往都需要逐渐的降维来进行解释.最普遍的方法通过差异分析-富集分析这样的也算是一种逐步降维的操作.这 ...

看到了发表于2021年4月在NC期刊的文章,标题是:<DUSP16 promotes cancer chemoresistance through regulation of mitochond ...

一:[公共数据库]这12个医学公共数据库,你知道几个? 01 NCDB 网址:https://www.facs.org/quality-programs/cancer/ncdb 美国国家癌 ...

目前,有很多可以用于GWAS数据分析的软件和方法.比如说GSA-SNP,FORGE,MRPEA,INRICH,DGAT,ALIGATOR, MAGENTA, Set screen test metho ...

我不确定这算不算TCGA数据挖掘套路文章,所以没有详细解读,也没有放在我的TCGA28讲系列教程里面! 看起来只是一个摘要,并没有相关文章出来: http://ascopubs.org/doi/abs ...

看到一篇文章提到了这个分析,其实这样的分析已经常规化了. 文章链接:https://www.nature.com/articles/s41467-018-04987-y 重点是作者对自己的生物学领域背 ...

公共数据库挖掘 -1- 导论生物信息的公共数据库有哪些? GEO.TCGA的数据挖掘是指什么? 开篇第一节,jimmy介绍了GEO和TCGA数据挖掘的概念以及一些数据库背景知识. 我们在谈数据挖掘时 ...

免疫检查点抑制剂是现在临床和科研热点,其中免疫检查点基因通过双信号机制调控肿瘤微环境中最主要的免疫细胞,T淋巴细胞的免疫应答活性而发挥作用.这些分子主要分为两类:一类是免疫球蛋白(immune glo ...

提到公共数据库挖掘,通常是GEO里面的表达芯片数据,这些年随着NGS的爆发,转录组测序数据的表达矩阵分析也逐渐有后来居上的趋势,当然了,TCGA数据库的全组学数据也是宝藏.但是也架不住有一些癌症或者疾 ...

善用公共数据库，从TCGA的乳腺癌多组学数据说起