单细胞分群后继续分亚群的一些例子 / 开普饭

与传统的转录组测序相比,单细胞测序技术噪声很大,使得单细胞转录组数据包含大量的dropout事件(导致基因表达量为0或接近0),即使是一些标记(Marker)基因也有可能表达量很低.当在使用其对聚类的 ...

探索生信之美,解构每一篇文章的故事解读高分文章,揭示生信之美~小伙伴们大家好啊,我是风间琉璃.经历了短暂快乐的春节,大家是不是已经回到实验室或者医院继续开始工作了呢?(反正琉璃已经回到临床默默打工了 ...

前面我们一起学习到了单细胞转录组数据的降维聚类分群,而且拿到的亚群,也可以解释其生物学意义,见:单细胞转录组数据处理之细胞亚群注释其实理论上细胞亚群是可以无限划分的,因为世界上没有两个一模一样的细胞 ...

前面我们已经完成了cytof数据处理的主要步骤,读入文件,质量控制,降维聚类分群,生物学注释和细胞亚群比例差异分析.目录如下: 1.cytof数据资源介绍(文末有交流群) 2.cytofWorkflo ...

作为生物信息学教学队伍的财务一名,我旁观了大量代码实战技巧,也勉强是学会了一下R语言,恰好看到朋友圈单细胞比较火爆,而且群主的CNS图表复现超级容易理解,我也跟着学习了一下,目录如下: CNS图表复现 ...

一般来说,公共数据集都会给出表达量矩阵和具体不同细胞亚群特异性基因,比如 GSE122083 数据集背后的文献,就给出来了这些分群: NK (NKG7 and GNLY), NKT (CD3D and ...

我们非常强调进入一个领域需要读综述来获取基本认知,尤其是单细胞,我们在<单细胞天地>公众号给大家精选了2017-2020的4篇综述: 2017年7月的 Identifying cell p ...

课程笔记粉丝:有单细胞线上课程吗? 小编:什么 ? 我们的单细胞转录组分析线上课程已经上线好久了,你们竟然都不知道吗,每篇推文后面的课程推荐没人看的吗,小编已哭晕在厕所好了,戏演完了,下面郑重介绍 ...

数据库构建也是生物信息学领域一个大方向,尤其是现在大热的单细胞领域,应该是不少团队在为单细胞数据库资源网页在踌躇满志了,不过单细胞数据之大,绝大部分实验室课题组是hold不住这个方向的数据这里的,最近 ...

前面我们一起学习了单细胞转录组数据的上游分析,而且了解了自己的项目的样本数量和测序量,还过滤了不合格的细胞和基因, 系列教程目录如下: 01. 上游分析流程 02.课题多少个样品,测序数据量如何 03 ...

回顾我们的CNS图表复现之旅已经开始,前面3讲是: CNS图表复现01-读入csv文件的表达矩阵构建Seurat对象 CNS图表复现02-Seurat标准流程之聚类分群 CNS图表复现03-单细胞区 ...

单细胞分群后继续分亚群的一些例子