增强火山图，要不要试一下？ / 开普饭

聚类分析和主成分分析来自黄思思(浙江大学八年制医学生,生信技能树全国巡讲杭州站优秀学员)投稿聚类分析 01 系统聚类示例数据一:现有16种饮料的热量.咖啡因含量.钠含量和价格的数据,根据这4个变 ...

太多人有这样的疑问,为什么自己进行ID转换的时候,成功率很低,今天就为你解惑. 当我们遇到了这样一个表达矩阵(其实就是从tcga数据库下载,通过ucsc的xena浏览器啦): dim(exprSet) ...

看到单细胞转录组测序数据的文献:<Single-cell sequencing links multiregional immune landscapes and tissue-resident ...

前些天我发现了乳腺癌领域的PAM50算法原理探索,在:PAM50的概念及分子分型算法原理 ,其实并不难,然后我注意到他们在挑选50个基因的时候,提到了多个探针对应同一个基因到底该如何取舍原文是:F ...

接上文DESeq2差异表达分析质量控制--样品水平 DESeq2工作流程的下一步是QC,它包括样本级和基因级的步骤,对计数数据执行QC检查,以帮助我们确保样本/重复看起来很好. RNA-SEQ分析 ...

前面我们一起学习了单细胞转录组数据的上游分析,而且了解了自己的项目的样本数量和测序量,还过滤了不合格的细胞和基因, 教程目录如下: 上游分析流程课题多少个样品,测序数据量如何过滤不合格细胞和基因( ...

任务载入表达矩阵,然后设置好分组信息用DEseq2进行差异分析,也可以走走edgeR或者limma的voom流程基本任务是得到差异分析结果,进阶任务是比较多个差异分析结果的异同点. 了解差异基因 ...

两个月前的一个学徒作业:绘图本身很简单但是获取数据很难,完成率超级低,仅仅接到了不到十个邮件,而且有3个人做的是错的!!超级尴尬,其中有一个错误很明显,就是自以为是的排序,然后比对肿瘤组织和配对的正常 ...

火山图是用于差异表达分析结果可视化的一种有效方法.今天,我们来介绍一个用于增强火山图绘制的强大 R 包:EnhancedVolcano ,该包拥有强大的绘图功能,用户可以简单的通过设置颜色.形状.大小 ...

因为没拿到raw counts,拿到的是DESeq2 normlized matrix,为了有谱,拿airway数据用DESeq2处理两次,看下结果,比较一下是不是可行! 可行性以及解释,各位看官,往 ...

以前一直用经典的MCP法分免疫浸润总感觉不好上篇文章上也写过这次用肠癌单细胞6万多的细胞的特异性基因,特异性基因我是一个一个看的,我选的标准是logfc大于1,而且如果是肿瘤细胞的特异性基因,那 ...

一般来说可以用CV或者MAD来衡量某基因在某些样本的表达变化情况. 标准差与平均数的比值称为变异系数,记为C.V(Coefficient of Variance). 变异系数又称"标准差率& ...

最近有粉丝在我b站的数据挖掘视频课程发弹幕吐槽我授课时候作为例子的火山图不怎么好看,希望我提高一下自己的审美. 课程是:三年前的数据挖掘课程(TNBC表达矩阵探索) https://m.bilibil ...

增强火山图，要不要试一下？