关闭 ​cytoscape的十大插件之之三--stringApp

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下面是cytoscape讲师的笔记

一、stringApp插件

  • 蛋白质网络一直是我们分析和可视化大量蛋白质和基因的工具。其中,最耳熟能详的是STRING数据库(https://string-db.org/),其适用物种有2000多个,能检索出编码蛋白间可能的潜在相互作用,例如物理接触、靶向调节等,最终阐述生物体中有意义的分子调节网络。
  • 但有个缺点:STRING数据库网页版只适用于构建小型网络。如要构建大型蛋白互相网络,这个网页版恐怕无法满足我们需求。
  • 而这Cytoscape软件中的stringApp插件有以下好处:
    • 更适用于大型网络
    • 对导入数据的可视化提供更大的灵活性
    • 可与Cytoscape软件中其他插件联合进行数据分析
    • 免费使用

二、操作演示

1. 插件下载

  • 下载安装的插件方法都一样,都是通过点击 AppsApp Manager
  • Search 中输入所需要的插件:stringApp。之后点击右下角的install,因为我已经下载好了所以这边是显示灰色。

2. 应用及保存

2.1 导入基因

  • 导入基因,点击图标,选择所需要的STRING类型,这里选择STRING protein query

  • 随后在右边窗口输入需要分析的基因

  • ctrl+回车 启动分析

  • 不同数据库构建的网络不同,比较常用的是蛋白质互作网络(STRING:protein query)

2.2 扩展功能

2.2.1 外观
  • 可调整大小及旋转
2.2.2 扩展网络
  • 点击Apps----STRING

  • 有三个主要功能:

  • results panel主要是指网络图右方的控制面板

  • 每个选项都有不同的功能,大家可以随意勾选尝试下网络图有哪些变化

2.2.3 富集功能
  • 富集分析:

  • 点击Apps---STRING Enrichment---Retrieve function enrichment进行富集分析

  • 结果出现在网络图的下方。包含富集名称,FDR值,基因数目及名称

  • 富集的类别有六种:GO Biological Process, GO Molecular Function, GO Cellular Component, KEGG Pathways, PFAM, and InterPro protein domains.

  • 点击Apps---STRING Enrichment---Export enrichment results进行导出保存

三、总结

  • stringApp功能主要为:

    • 构建大规模的蛋白质作用网络
    • 灵活扩展网络,增加基因,美化外观
    • 富集分析
  • 但是如今stringApp在文献中仍然使用不多,大家仍倾向于使用STRING网站构建蛋白质相互作用网络,但其实两者求出来的网络基本相同,并且如果STRING网站出来的网络外观不满意的话,仍需要调入cytoscape进行分析,这样对比使用stringApp就可以一步到位了。

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